Chromosome-level genome assembly and annotation of the black sea urchin Arbacia lixula (Linnaeus, 1758)
Galià Camps, Carles (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
Carreras Huergo, Carlos (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
Pascual, Marta (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
Greve, Carola (Senckenberg Forschungsinstitut und Naturmuseum)
Schell, Tilman (Senckenberg Forschungsinstitut und Naturmuseum)
Turon, Xavier (Centre d'Estudis Avançats de Blanes)
Palacin, Creu (Universitat de Barcelona. Departament de Biologia Evolutiva, Ecologia i Ciències Ambientals)
Perez-Portela, Rocio (Universitat de Barcelona. Departament de Biologia Evolutiva, Ecologia i Ciències Ambientals)
Wangensteen, Owen S. (Universitat de Barcelona. Departament de Biologia Evolutiva, Ecologia i Ciències Ambientals)
Pegueroles Queralt, Maria Cinta (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)

Data:	2024
Descripció:	9 pàg.
Resum:	The black sea urchin (Arbacia lixula) is a keystone species inhabiting the coastal shallow waters of the Mediterranean Sea, which is a key driver of littoral communities' structure. Here, we present the first genome assembly and annotation of this species, standing as the first Arbacioida genome, including both nuclear and mitochondrial genomes. To obtain a chromosome-level assembly, we used a combination of PacBio high fidelity (HiFi) reads and chromatin capture reads (Omni-C). In addition, we generated a high-quality nuclear annotation of both coding and non-coding genes, by using published RNA-Seq data from several individuals of A. lixula and gene models from closely related species. The nuclear genome assembly has a total span of 607. 91 Mb, being consistent with its experimentally estimated genome size. The assembly contains 22 chromosome-scale scaffolds (96. 52% of the total length), which coincides with its known karyotype. A total of 72,767 transcripts were predicted from the nuclear genome, 24,171 coding, and 48,596 non-coding that included lncRNA, snoRNA, and tRNAs. The circularized mitochondrial genome had 15,740 bp comprising 13 protein-coding genes, 2 rRNA, and 22 tRNA. This reference genome will enhance ongoing A. lixula studies and benefit the wider sea urchin scientific community.
Ajuts:	Generalitat de Catalunya 2021/SGR-01271 Agencia Estatal de Investigación PID2020-118550RB Agencia Estatal de Investigación RYC2018-025070-I Generalitat de Catalunya 2021/SGR-00405
Nota:	Altres ajuts: Institut d'Estudis Catalans under the Catalan Initiative for the Earth Biogenome Project (PRO2021-S02-Pegueroles)
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Arbacia lixula ; Chromosome-level assembly ; Genome annotation ; Mitochondrial genome ; Sea urchin
Publicat a:	DNA research, Vol. 31, Num. 4 (August 2024) , art. dsae020, ISSN 1756-1663

DOI: 10.1093/dnares/dsae020
PMID: 38908014

9 p, 1.5 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats