Host-dependent editing of SARS-CoV-2 in COVID-19 patients
Gregori i Font, Josep (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Cortese, Maria Francesca (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Piñana, Maria (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Campos, Carolina (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Garcia-Cehic, D. (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Andrés, Cristina (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Abril, Josep Francesc (Universitat de Barcelona)
Codina, María Gema (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Rando-Segura, Ariadna (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Esperalba, Juliana (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Sulleiro, Elena (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Joseph-Munné, Joan (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Saubi, Narcis (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Colomer-Castell, Sergi (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Martin, Mari Carmen (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Castillo, Carla (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Esteban Mur, Juan Ignacio (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Pumarola Suñé, Tomàs (Universitat Autònoma de Barcelona)
Rodríguez Frías, Francisco (Universitat Autònoma de Barcelona)
Antón Pagarolas, Andrés, 1976- 1976- (Universitat Autònoma de Barcelona)
Quer, Josep 1965- (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))

Fecha:	2021
Resumen:	A common trait among RNA viruses is their high capability to acquire genetic variability due to viral and host mechanisms. Next-generation sequencing (NGS) analysis enables the deep study of the viral quasispecies in samples from infected individuals. In this study, the viral quasispecies complexity and single nucleotide polymorphisms of the SARS-CoV-2 spike gene of coronavirus disease 2019 (COVID-19) patients with mild or severe disease were investigated using next-generation sequencing (Illumina platform). SARS-CoV-2 spike variability was higher in patients with long-lasting infection. Most substitutions found were present at frequencies lower than 1%, and had an A → G or T → C pattern, consistent with variants caused by adenosine deaminase acting on RNA-1 (ADAR1). ADAR1 affected a small fraction of replicating genomes, but produced multiple, mainly non-synonymous mutations. ADAR1 editing during replication rather than the RNA-dependent RNA polymerase (nsp12) was the predominant mechanism generating SARS-CoV-2 genetic variability. However, the mutations produced are not fixed in the infected human population, suggesting that ADAR1 may have an antiviral role, whereas nsp12-induced mutations occurring in patients with high viremia and persistent infection are the main source of new SARS-CoV-2 variants.
Ayudas:	Ministerio de Economía y Competitividad RD16/0016/0003 Instituto de Salud Carlos III PI19/00301
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Materia:	ADAR1 ; SARS-CoV-2 ; Editing ; Mutations ; Quasispecies
Publicado en:	Emerging microbes & infections, Vol. 10 (September 2021) , p. 1777-1789, ISSN 2222-1751

DOI: 10.1080/22221751.2021.1969868
PMID: 34402744

14 p, 4.6 MB

El registro aparece en las colecciones:
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados