Bioinformática : identificar genes en una interfaz gráfica vía web para la comparación de genomas
Babitsch Soler, Ivan
Gonzàlez, Jordi (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciències de la Computació)
Huerta Casado, Mario
Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria

Date:	2010
Description:	66 p.
Abstract:	Este trabajo desarrolla el proceso de diseño e implementación de una interfaz web que permite la exploración en detalle de las relaciones entre genomas completos. La interfaz permite la comparación simultánea de nueve genomas, representando en cada gráfica las relaciones entre cada par de genomas junto los genes identificados de cada uno de ellos. Es capaz de trabajar con genomas del dominio Eukaryota y se adapta a la capacidad de cómputo de la máquina cliente. La información representada son MUMs (Maximal Unique Matching, secuencia máxima y única encontrada en ambos genomas) y SuperMUMs (agrupación de MUMs mediante Approximate String Matching). Los datos son previamente calculados y accesibles desde un servidor web.
Abstract:	Aquest treball desenvolupa el procés de disseny i implementació d'una interfície web que permet l'exploració detallada de les relacions entre genomes complets. La interfície permet la comparació simultània de nou genomes, representant en cada gràfica les relacions entre cada parell de genomes junt els gens identificats de cadascun d'ells. És capaç de treballar amb genomes del domini Eukaryota i s'adapta a la capacitat de còmput de la màquina client. La informació representada són MUMs (Maximal Unique Matching, seqüència màxima i única trobada en tots dos genomes) i SuperMUMs (agrupació de MUMs mitjançant Approximate String Matching). Les dades són prèviament calculades i accessibles des d'un servidor web.
Abstract:	This work develops the process of designing and implementing a web interface that allows detailed examination of the relationship between complete genomes. The interface allows simultaneous comparison of nine genomes, each graph is representing the relationships between each pair of genomes with the genes identified for each of them. Able to work with domain Eukaryote genomes and adapts to the computing capacity of the client machine. The information represented are MUMs (Unique Maximal Matching, maximum and unique sequence found in both genomes) and SuperMUMs (MUMs grouping by Approximate String Matching). The data is pre-calculated and accessible from a web server.
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Language:	Castellà
Studies:	Enginyeria Informàtica / Computer Engineering [4314660]
Series:	Escola d'Enginyeria. Projectes i treballs de final de carrera. Enginyeria Informàtica
Document:	Treball final de grau
Subject:	Biologia computacional ; Mètodes ; Genètica ; Processament de dades

66 p, 2.9 MB

The record appears in these collections:
Research literature > Dissertations > Engineering. MT