Monitoring SARS-CoV-2 variant transitions using differences in diagnostic cycle threshold values of target genes
Bordoy, Antoni E. (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Saludes, Verónica (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Panisello Yagüe, David (Institut Germans Trias i Pujol. Fundació Lluita Contra les Infeccions)
Clarà, Gemma (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Soler, Laia (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Paris de León, Alexia (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Casañ, Cristina (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Blanco-Suárez, Ana (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Guerrero Murillo, Mercedes (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Rodríguez-Ponga, Beatriz (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Noguera-Julian, Marc (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Català-Moll, Francesc (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa)
Pey, Irina (Institut Germans Trias i Pujol. Fundació Lluita Contra les Infeccions)
Armengol, Maria Pilar (Institut Germans Trias i Pujol. Fundació Lluita Contra les Infeccions)
Casadellà, Maria (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa)
Parera, Mariona (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa)
Pluvinet, Raquel (Institut Germans Trias i Pujol. Fundació Lluita Contra les Infeccions)
Sumoy, Lauro (Institut Germans Trias i Pujol. Fundació Lluita Contra les Infeccions)
Clotet Sala, Bonaventura (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa)
Giménez, Montserrat (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Martró, Elisa (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Cardona, Pere-Joan (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Blanco Guillermo, Ignacio (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa)
Universitat Autònoma de Barcelona

Data:	2022
Resum:	Monitoring the emergence of new SARS-CoV-2 variants is important to detect potential risks of increased transmission or disease severity. We investigated the identification of SARS-CoV-2 variants from real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) routine diagnostics data. Cycle threshold (Ct) values of positive samples were collected from April 2021 to January 2022 in the Northern Metropolitan Area of Barcelona (n = 15,254). Viral lineage identification from whole genome sequencing (WGS) was available for 4618 (30. 3%) of these samples. Pairwise differences in the Ct values between gene targets (ΔCt) were analyzed for variants of concern or interest circulating in our area. A specific delay in the Ct of the N-gene compared to the RdRp-gene (ΔCt) was observed for Alpha, Delta, Eta and Omicron. Temporal differences in ΔCt correlated with the dynamics of viral replacement of Alpha by Delta and of Delta by Omicron according to WGS results. Using ΔCt, prediction of new variants of concern at early stages of circulation was achieved with high sensitivity and specificity (91. 1% and 97. 8% for Delta; 98. 5% and 90. 8% for Omicron). Thus, tracking population-wide trends in ΔCt values obtained from routine diagnostics testing in combination with WGS could be useful for real-time management and response to local epidemics.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Infectious-disease diagnostics ; Policy and public health in microbiology
Publicat a:	Scientific reports, Vol. 12 (december 2022) , ISSN 2045-2322

DOI: 10.1038/s41598-022-25719-9
PMID: 36528712

7 p, 2.3 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut d'Investigació en Ciencies de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats