1.
|
25 p, 6.3 MB |
Principles of 3D chromosome folding and evolutionary genome reshuffling in mammals
/
Álvarez-González, Lucía (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
Arias-Sardá, Cristina (University of Kent. School of Biosciences) ;
Montes-Espuña, Laia (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Marin Gual, Laia (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
Vara González, Covadonga (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Lister, Nicholas C. (University of New South Wales. School of Biotechnology and Biomolecular Sciences) ;
Cuartero, Yasmina (Centre de Regulació Genòmica) ;
García, Francisca (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei de Cultius Cel·lulars, Producció d'Anticossos i Citometria) ;
Deakin, Janine (University of Canberra. Institute for Applied Ecology) ;
Renfree, Marilyn B. (The University of Melbourne. School of Biosciences) ;
Robinson, Terence J. (Stellenbosch University. Department of Botany and Zoology) ;
Martí-Renom, Marc A. (Centre de Regulació Genòmica) ;
Waters, Paul D. (University of New South Wales. School of Biotechnology and Biomolecular Sciences) ;
Farré, Marta (University of Kent. School of Biosciences) ;
Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Studying the similarities and differences in genomic interactions between species provides fertile grounds for determining the evolutionary dynamics underpinning genome function and speciation. Here, we describe the principles of 3D genome folding in vertebrates and show how lineage-specific patterns of genome reshuffling can result in different chromatin configurations. [...]
2022 - 10.1016/j.celrep.2022.111839
Cell reports, Vol. 41, Issue 12 (December 2022) , art. 111839
|
|
2.
|
|
3.
|
15 p, 5.0 MB |
3D chromatin remodelling in the germ line modulates genome evolutionary plasticity
/
Álvarez-González, Lucía (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Burden, Frances (University of Kent. School of Bioscience) ;
Doddamani, Dadakhalandar (University of Kent. School of Bioscience) ;
Malinverni, Roberto (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) ;
Leach, Emma (University of Kent. School of Bioscience) ;
Marín-García, Cristina (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Marin Gual, Laia (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Gubern Burset, Albert (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
Vara González, Covadonga (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
Paytuví-Gallart, Andreu (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Buschbeck, Marcus (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) ;
Ellis, Peter J. I. (University of Kent. School of Bioscience) ;
Farré, Marta (University of Kent. School of Bioscience) ;
Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Chromosome folding has profound impacts on gene regulation, whose evolutionary consequences are far from being understood. Here we explore the relationship between 3D chromatin remodelling in mouse germ cells and evolutionary changes in genome structure. [...]
2022 - 10.1038/s41467-022-30296-6
Nature communications, Vol. 13 (May 2022) , art. 2608
|
|
4.
|
26 p, 4.3 MB |
Strategies for meiotic sex chromosome dynamics and telomeric elongation in Marsupials
/
Marin Gual, Laia (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
González Rodelas, Laura (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
Pujol Infantes, Gala (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Vara González, Covadonga (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
Martín-Ruiz, Marta (Universidad Autónoma de Madrid. Departamento de Biología) ;
Berríos, Soledad (Universidad de Chile. Programa de Genética Humana) ;
Fernández-Donoso, Raúl (Universidad de Chile. Programa de Genética Humana) ;
Pask, Andrew (The University of Melbourne. School of BioSciences) ;
Renfree, Marilyn B. (The University of Melbourne. School of BioSciences) ;
Page, Jesús (Universidad Autónoma de Madrid. Departamento de Biología) ;
Waters, Paul D. (School of Biotechnology and Biomolecular Sciences) ;
Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
During meiotic prophase I, homologous chromosomes pair, synapse and recombine in a tightly regulated process that ensures the generation of genetically variable haploid gametes. Although the mechanisms underlying meiotic cell division have been well studied in model species, our understanding of the dynamics of meiotic prophase I in non-traditional model mammals remains in its infancy. [...]
2022 - 10.1371/journal.pgen.1010040
PLoS Genetics, Vol. 18, Issue 2 (February 2022) , art. e1010040
|
|
5.
|
17 p, 7.4 MB |
The impact of chromosomal fusions on 3D genome folding and recombination in the germ line
/
Vara González, Covadonga (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Paytuví-Gallart, Andreu (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
Cuartero, Yasmina (Centre de Regulació Genòmica) ;
Álvarez-González, Lucía (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Marin Gual, Laia (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
García, Francisca (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei de Cultius Cel·lulars, Producció d'Anticossos i Citometria) ;
Florit-Sabater, Beatriu (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Capilla, Laia (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia) ;
Sanchéz-Guillén, Rosa Ana (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Sarrate Navas, Zaida (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech) ;
Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech) ;
Searle, Jeremy B. (Cornell University. Department of Ecology and Evolutionary Biology) ;
Ventura Queija, Jacinto (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia) ;
Marti-Renom, Marc A. (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ;
Le Dily, François (Centre de Regulació Genòmica) ;
Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
The spatial folding of chromosomes inside the nucleus has regulatory effects on gene expression, yet the impact of genome reshuffling on this organization remains unclear. Here, we take advantage of chromosome conformation capture in combination with single-nucleotide polymorphism (SNP) genotyping and analysis of crossover events to study how the higher-order chromatin organization and recombination landscapes are affected by chromosomal fusions in the mammalian germ line. [...]
2021 - 10.1038/s41467-021-23270-1
Nature communications, Vol. 12 (May 2021) , art. 2981
|
|
6.
|
10 p, 3.0 MB |
CENP-A binding domains and recombination patterns in horse spermatocytes
/
Cappelletti, Eleonora (Università degli Studi di Pavia. Dipartimento di Biologia e Biotecnologie "L. Spallanzani") ;
Piras, Francesca M. (Università degli Studi di Pavia. Dipartimento di Biologia e Biotecnologie "L. Spallanzani") ;
Badiale, Claudia (Università degli Studi di Pavia. Dipartimento di Biologia e Biotecnologie "L. Spallanzani") ;
Bambi, Marina (Università degli Studi di Pavia. Dipartimento di Biologia e Biotecnologie "L. Spallanzani") ;
Santagostino, Marco (Università degli Studi di Pavia. Dipartimento di Biologia e Biotecnologie "L. Spallanzani") ;
Vara González, Covadonga (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Masterson, Teri A. (National University of Ireland. Centre for Chromosome Biology) ;
Sullivan, Kevin F. (National University of Ireland. Centre for Chromosome Biology) ;
Nergadze, Solomon G. (Università degli Studi di Pavia. Dipartimento di Biologia e Biotecnologie "L. Spallanzani") ;
Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ;
Giulotto, Elena (Università degli Studi di Pavia. Dipartimento di Biologia e Biotecnologie "L. Spallanzani")
Centromeres exert an inhibitory effect on meiotic recombination, but the possible contribution of satellite DNA to this "centromere effect" is under debate. In the horse, satellite DNA is present at all centromeres with the exception of the one from chromosome 11. [...]
2019 - 10.1038/s41598-019-52153-1
Scientific reports, Vol. 9, issue 1 (Jan. 2019) , art. 15800
|
|
7.
|
26 p, 7.4 MB |
Three-dimensional genomic structure and cohesin occupancy correlate with transcriptional activity during spermatogenesis
/
Vara González, Covadonga (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Paytuví-Gallart, Andreu (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Cuartero, Yasmina (Centre de Regulació Genòmica) ;
Le Dily, François (Centre de Regulació Genòmica) ;
García, Francisca (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei de Cultius Cel·lulars, Producció d'Anticossos i Citometria) ;
Salvà Castro, Judith (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Gomez Hernández, Laura (Centro de Investigación del Cáncer) ;
Julià, Eva (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) ;
Moutinho, Catia (Centre de Regulació Genòmica) ;
Aiese Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech) ;
Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech) ;
Fornas, Òscar (Centre de Regulació Genòmica) ;
Martín Pendas, Alberto (Centro de Investigación del Cáncer) ;
Heyn, Holger (Centre de Regulació Genòmica) ;
Waters, Paul D. (University of New South Wales. School of Biotechnology and Biomolecular Sciences) ;
Martí Renom, Marc A. (Centre de Regulació Genòmica) ;
Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Mammalian gametogenesis involves dramatic and tightly regulated chromatin remodeling, whose regulatory pathways remain largely unexplored. Here, we generate a comprehensive high-resolution structural and functional atlas of mouse spermatogenesis by combining in situ chromosome conformation capture sequencing (Hi-C), RNA sequencing (RNA-seq), and chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) of CCCTC-binding factor (CTCF) and meiotic cohesins, coupled with confocal and super-resolution microscopy. [...]
2019 - 10.1016/j.celrep.2019.06.037
Cell reports, Vol. 28, issue 2 (Jul. 2019) , p. 352-367
|
|
8.
|
15 p, 1.3 MB |
PRDM9 diversity at fine geographical scale reveals contrasting evolutionary patterns and functional constraints in natural populations of house mice
/
Vara González, Covadonga (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Capilla Pérez, Laia (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Ferretti, Luca (University of Oxford. Big Data Institute) ;
Ledda, Alice (Imperial College London. Department for Infectious Disease Epidemiology) ;
Sánchez Guillén, Rosa Ana (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Gabriel, Sofia I. (Universidade de Lisboa. Centro de Estudos do Ambiente e do Mar) ;
Albert Lizandra, Guillermo (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Florit-Sabater, Beatriu (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Bello Rodríguez, Judith (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Ventura Queija, Jacinto (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia) ;
Searle, Jeremy B. (Cornell University. Department of Ecology and Evolutionary Biology) ;
Mathias, Maria L. (Universidade de Lisboa. Centro de Estudos do Ambiente e do Mar) ;
Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
One of the major challenges in evolutionary biology is the identification of the genetic basis of postzygotic reproductive isolation. Given its pivotal role in this process, here we explore the drivers that may account for the evolutionary dynamics of the PRDM9 gene between continental and island systems of chromosomal variation in house mice. [...]
2019 - 10.1093/molbev/msz091
Molecular biology and evolution, Vol. 36 Núm. 8 (january 2019) , p. 1686-1700
|
|