En 1812 mediante Decreto de la Corte de Cádiz se creó en Nicaragua en la ciudad de León, lo que constituyó el germen de la Universidad. En la práctica fue hasta 1816 que se instaló definitivamente, convirtiéndose así en la segundad universidad fundada por la Capitanía General del Reino de Guatemala y la última fundada por España en América.
Hasta 1982 esta institución llevó por nombre “Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua-UNAN” fue en este año que se escinde y de ella surgen dos instituciones independiente: la UNAN-León y la UNAN-Managua. Ante de este hecho la UNAN tenía dos núcleos, uno en la ciudad de León y otro en Managua, la capital de la República. Ambas se rigen actualmente por la Ley de Autonomía de las Instituciones de Educación Superior (Ley 89), aprobada el 5 de abril de 1990.
La Misión, es “Formar profesionales y técnicos integrales desde y con una concepción científica y humanista del mundo, capaces de interpretar los fenómenos sociales y naturales con un sentido crítico, reflexivo y propositivo, (…) todo ello en un marco de cooperación genuina, equidad, compromiso y justicia social y en armonía con el medio ambiente” Los Valores que fomenta y orientan el quehacer en la UNAN-Managua son: Compromiso social, equidad, justicia, igualdad de oportunidades, honestidad y transparencia, respeto a los derechos humanos, respeto a la diversidad, respeto al medio ambiente, ética profesional, responsabilidad social e institucional, identidad institucional y sentimiento de pertenencia, tolerancia y solidaridad, identidad, cultura nacional y valores patrióticos.
Hoy en día la UNAN Managua, está estructurada por la Rectoría, cuatro Vice- rectorías, una Secretaría General, nueve Facultades, cuatro de éstas, están ubicadas en cuatro Cabeceras Departamentales de Nicaragua; un Instituto Politécnico de Salud, cinco Centros de Investigación en las áreas de Agua, Geofísica, Ciencias Sociales, Historia, Lengua y Literatura. El Agua y Geo Física son de reconocimiento nacional y regional.
Cuenta con 70 carreras a nivel de licenciatura en distintas áreas del conocimientos (Educación, salud humanidades, ciencias, ciencias económicas), 33mil estudiantes a nivel de grado, 2000 estudiantes de posgrado (Diplomados, especialización, maestrías y doctorado).