Introducción a la bioinformática para el análisis de datos de expresión genética
Menssouri, Mhamed
Gonzàlez, Jordi, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciències de la Computació)
Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria

Títol variant:	Introduction to Bioinformatics for analyzing gene expression data
Títol variant:	Introducció a la bioinformàtica per a l'anàlisi de dades d'expressió genètica
Data:	2016-06-29
Resum:	La comparación de genomas proporciona información sobre los procesos evolutivos que se han llevado a cabo en la aparición de los diversos seres vivos que habitan el planeta tierra. A partir de la comparación entre los genomas, se puede obtener un árbol evolutivo entre las diferentes especies. En el caso de comparación de genomas de bacterias el principal problema es el gran número de genomas a comparar. Este gran número hace que la comparación entre todos los genomas secuenciados de bacteria pueda tardar más de un año. Para superar esta barrera se ha adaptado el sistema existente para obtener el árbol filogenético. En primer lugar se lanzarán las comparaciones entre genomas en paralelo. Por otro lado, se generará el árbol evolutivo cada vez que un genoma es comparado con el resto de genomas previamente comparados, sin necesidad de esperar que se realice la comparación entre todos los genomas. Por último, el sistema dejará de guardar los resultados de las comparaciones entre genomas. En su lugar, cada vez que el usuario requiera estudiar esas comparaciones via web se relanzará el cálculo de la comparación y solo se guardarán los resultados de las comparaciones más consultadas.
Resum:	The comparison of genomes provides information about the evolutionary processes that have taken place in the appearance of the various living beings that inhabit our planet. From the comparison between the genomes, you can obtain an evolutionary tree among the different species. In the case of the comparison between the bacteria genomes the main problem is the big amount of genomes to be compared. This huge number of genomes makes the comparison between all the sequenced bacteria genomes take longer than a year. To overtake this barrier, we have adapted the existing system to obtain the phylogenetic tree. Firstly, the comparisons between the genomes will be made in a parallel way. On the other side, the evolutionary tree will be generated every time that a genome is compared to the rest of previously compared genomes, with no need to wait for the comparison to be made between the genomes. Finally, the system will stop saving the results of the comparisons between the genomes. Instead, every time that the user requires analyzing those comparisons via web, the calculation of the comparison will be thrown and only the results of the most consulted comparisons will be saved.
Resum:	La comparació de genomes proporciona informació sobre els processos evolutius que s'han dut a terme en l'aparició dels diversos éssers vius que viuen a la terra. A partir de la comparació entre els genomes, es pot obtenir l'arbre evolutiu entre les diferents espècies. En les comparacions de genomes de bacteris el principal problema és el gran nombre de genomes a comparar. Aquest gran nombre fa que les comparacions entre tots els genomes seqüenciats de bacteri puguin trigar més d'un any. Per superar aquesta limitació s'ha adaptat el sistema existent per obtenir l'arbre filogenètic. En primer lloc és llançaran les comparacions entre genomes en paral·lel. Per altra banda, es generarà l'arbre evolutiu cada cop que un genoma és comparat amb la resta de genomes prèviament comparats sense necessitat d'esperar que es realitzi la comparació entre tots els genomes. Per últim, el sistema deixarà de guardar els resultats de les comparacions entre genomes. En el seu lloc, cada cop que l'usuari requereix estudiar les comparacions via web es rellançarà el calcul de la comparació i només és guardaran els resultats de les comparacions més consultades.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Llengua:	Castellà
Titulació:	Grau en Enginyeria Informàtica [2502441]
Pla d'estudis:	Enginyeria Informàtica [958]
Document:	Treball final de grau ; Text
Àrea temàtica:	Menció Computació
Matèria:	Genòmica ; Gen ; Bacteri ; Arquea ; Eucariota ; Arbre filogenètic ; Mummy ; MUM ; SMUM ; Matriu de similitud ; BigData ; Paral·lelització ; IBB ; NCBI ; Genómica ; Bacteria ; Árbol filogenético ; Matriz de similitud ; Paralelización ; Genomics ; Gene ; Bacterium ; Archea ; Eukaryote ; Phylogenetic tree ; Similarity matrix ; Parallelization

10 p, 697.2 KB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Treballs de Fi de Grau > Escola d'Enginyeria. TFG