Genome-wide patterns of homozygosity provide clues about the population history and adaptation of goats
Bertolini, Francesca (Iowa State University. Department of Animal Science)
Figueiredo Cardoso, Tainã (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Marras, Gabriele (Fondazione Parco Tecnologico Padano)
Nicolazzi, Ezequiel L. (Fondazione Parco Tecnologico Padano)
Rothschild, Max F. (Iowa State University. Department of Animal Science)
Amills i Eras, Marcel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Data:	2018
Resum:	Background: Patterns of homozygosity can be influenced by several factors, such as demography, recombination, and selection. Using the goat SNP50 BeadChip, we genotyped 3171 goats belonging to 117 populations with a worldwide distribution. Our objectives were to characterize the number and length of runs of homozygosity (ROH) and to detect ROH hotspots in order to gain new insights into the consequences of neutral and selection processes on the genome-wide homozygosity patterns of goats. - Results: The proportion of the goat genome covered by ROH is, in general, less than 15% with an inverse relationship between ROH length and frequency i. e. short ROH (< 3 Mb) are the most frequent ones. Our data also indicate that ~ 60% of the breeds display low F coefficients (< 0. 10), while ~ 30 and ~ 10% of the goat populations show moderate (0. 10 < F < 0. 20) or high (.
Ajuts:	Agencia Estatal de Investigación AGL2016-76108-R
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Acclimatization ; Animals ; Asia ; Breeding ; Genetic Variation ; Genetics, Population ; Genome ; Genomics ; Genotype ; Goats ; Homozygote ; Inbreeding ; Polymorphism, Single Nucleotide ; Population Density
Publicat a:	Genetics, selection, evolution, Vol. 50 (2018) , art. 59, ISSN 1297-9686

DOI: 10.1186/s12711-018-0424-8
PMID: 30449279

12 p, 2.8 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats