Home > Articles > Published articles > Sampling time-dependent artifacts in single-cell genomics studies |
Date: | 2020 |
Abstract: | Robust protocols and automation now enable large-scale single-cell RNA and ATAC sequencing experiments and their application on biobank and clinical cohorts. However, technical biases introduced during sample acquisition can hinder solid, reproducible results, and a systematic benchmarking is required before entering large-scale data production. Here, we report the existence and extent of gene expression and chromatin accessibility artifacts introduced during sampling and identify experimental and computational solutions for their prevention. |
Grants: | Instituto de Salud Carlos III CP14-00229 Ministerio de Ciencia e Innovación SAF2017-89109-P Ministerio de Economía y Competitividad IPT-010000-2010-36 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017-SGR-736 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017-SGR-1142 European Commission 210574908 European Commission 810287 |
Rights: | Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original. |
Language: | Anglès |
Document: | Article ; recerca ; Versió publicada |
Subject: | Single-cell ; Biobank ; RNA sequencing ; Peripheral blood mononuclear cells ; PBMC ; Chronic lymphocytic leukemia ; CLL ; Sampling ; Cryopreservation ; Benchmarking |
Published in: | Genome biology, Vol. 21 Núm. 1 (november 2020) , p. 112, ISSN 1474-760X |
16 p, 1.4 MB |