Sampling time-dependent artifacts in single-cell genomics studies
Massoni-Badosa, R. (Centre de Regulació Genòmica)
Iacono, G. (Centre de Regulació Genòmica)
Moutinho, Catia (Centre de Regulació Genòmica)
Kulis, M. (Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer)
Palau, Núria (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Marchese, Domenica (Centre de Regulació Genòmica)
Rodríguez-Ubreva, Javier (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras)
Ballestar, Esteban (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona)
Rodriguez-Esteban, G. (Centre de Regulació Genòmica)
Marsal, Sara (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Aymerich, Marta (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona)
Colomer, Dolors (Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer)
Campo, Elias (Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer)
Julià Cano, Antonio (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Martin-Subero, Jose Ignacio (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats)
Heyn, Holger (Universitat Pompeu Fabra)
Universitat Autònoma de Barcelona

Date:	2020
Abstract:	Robust protocols and automation now enable large-scale single-cell RNA and ATAC sequencing experiments and their application on biobank and clinical cohorts. However, technical biases introduced during sample acquisition can hinder solid, reproducible results, and a systematic benchmarking is required before entering large-scale data production. Here, we report the existence and extent of gene expression and chromatin accessibility artifacts introduced during sampling and identify experimental and computational solutions for their prevention.
Grants:	Instituto de Salud Carlos III CP14-00229 Ministerio de Ciencia e Innovación SAF2017-89109-P Ministerio de Economía y Competitividad IPT-010000-2010-36 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-736 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-1142 European Commission 210574908 European Commission 810287
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Subject:	Single-cell ; Biobank ; RNA sequencing ; Peripheral blood mononuclear cells ; PBMC ; Chronic lymphocytic leukemia ; CLL ; Sampling ; Cryopreservation ; Benchmarking
Published in:	Genome biology, Vol. 21 Núm. 1 (november 2020) , p. 112, ISSN 1474-760X

DOI: 10.1186/s13059-020-02032-0
PMID: 32393363

16 p, 1.4 MB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Health sciences and biosciences > Institut d'Investigació en Ciencies de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP) > Josep Carreras Leukaemia Research Institute
Articles > Research articles
Articles > Published articles