dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)
| Títol variant: |
Desarrollo de un sistema de filogenia vírica en Python |
| Títol variant: |
Development of a viral phylogeny system in Python |
| Data: |
2021 |
| Resum: |
Els avenços científics de la metagenòmica han portat al descobriment d'un gran nombre d'organismes i les seves relacions evolutives. Uns d'ells són els bacteriofags que, a pesar de ser els organismes més abundants de la biosfera, encara no estan completament descrits. No obstant això gràcies a l'anàlisi filogenètica s'han realitzat grans descobriments relatius a l'origen evolutiu de les espècies víriques. A més, el brot de pandèmia ocasionada pel SARS-CoV-2 ha fet incrementar els esforços de recerca en aquesta àrea. Aquest projecte s'ha centrat en el desenvolupament d'un programa informàtic, anomenat ViPhy, per a l'alineament de seqüències de proteïnes i la generació d'arbres filogenètics de bacteriòfags. ViPhy també es pot aplicar a altres tàxons i, a diferència d'altres programes, no limita el nombre de seqüències a alinear i és de codi obert. |
| Resum: |
Scientific advances in metagenomics have led to the discovery of a significant number of organisms and their evolutionary relationships. One of them are bacteriofages that, despite being the most abundant organisms in the biosphere, are not yet fully characterized. However, thanks to the phylogenetic analysis, significant discoveries have been made regarding the evolutionary origin of the viral species and outbreak of the SARS-CoV-2 pandemics has increased the research efforts in this area. This project has focused in the development of a computer program, called ViPhy, for the alignment of protein sequences and the generation of bacteriophage phylogenetic trees. ViPhy can also be applied to other taxons and, unlike other programs, does not limit the number of sequences to be aligned and is open code. |
| Resum: |
Los avances científicos de la metagenómica han llevado al descubrimiento de un gran número de organismos y sus relaciones evolutivas. Unos de ellos son los bacteriófagos que, a pesar de ser los organismos más abundantes de la biosfera, aún no están completamente descritos. Sin embargo gracias al análisis filogenético se han realizado grandes descubrimientos relativos al origen evolutivo de las especies víricas. Además, el brote de pandemia ocasionada por el SARS-CoV-2 ha incrementado los esfuerzos de investigación en esta área. Este proyecto se ha centrado en el desarrollo de un programa informático, llamado ViPhy, para el alineamiento de secuencias de proteínas y la generación de árboles filogenéticos de bacteriófagos. ViPhy también se puede aplicar a otros taxones y, a diferencia de otros programas, no limita el número de secuencias a alinear y es de código abierto. |
| Drets: |
Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.  |
| Llengua: |
Català |
| Titulació: |
Grau en Enginyeria Informàtica [2502441] |
| Pla d'estudis: |
Enginyeria Informàtica [958] |
| Document: |
Treball final de grau ; Text |
| Àrea temàtica: |
Menció Tecnologies de la Informació |
| Matèria: |
Arbres filogenètics ;
Filogenòmica ;
Bacteriòfags ;
Aminoàcids ;
SARS-CoV-2 ;
Phylogenetic tree ;
Phylogenomics ;
Bacteriophage ;
Amino acids ;
Árboles filogenéticos ;
Filogenómica ;
Bacteriófagos ;
Aminoácidos |
visitant ::
identificació
dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)
