Next generation sequencing to dissect the genetic architecture of KNG1 and F11 loci using factor XI levels as an intermediate phenotype of thrombosis
Martin-Fernandez, Laura (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Gavidia-Bovadilla, Giovana (Universitat Politècnica de Catalunya)
Corrales Insa, Irene (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Brunel, Helena (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Ramírez, Lorena (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
López, Sonia (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Souto, Juan Carlos (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Vidal, Francisco (Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Cardiovasculares)
Soria Fernández, José Manuel (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Universitat Autònoma de Barcelona

Fecha:	2017
Resumen:	Venous thromboembolism is a complex disease with a high heritability. There are significant associations among Factor XI (FXI) levels and SNPs in the KNG1 and F11 loci. Our aim was to identify the genetic variation of KNG1 and F11 that might account for the variability of FXI levels. The KNG1 and F11 loci were sequenced completely in 110 unrelated individuals from the GAIT-2 (Genetic Analysis of Idiopathic Thrombophilia 2) Project using Next Generation Sequencing on an Illumina MiSeq. The GAIT-2 Project is a study of 935 individuals in 35 extended Spanish families selected through a proband with idiopathic thrombophilia. Among the 110 individuals, a subset of 40 individuals was chosen as a discovery sample for identifying variants. A total of 762 genetic variants were detected. Several significant associations were established among common variants and low-frequency variants sets in KNG1 and F11 with FXI levels using the PLINK and SKAT packages. Among these associations, those of rs710446 and five low-frequency variant sets in KNG1 with FXI level variation were significant after multiple testing correction and permutation. Also, two putative pathogenic mutations related to high and low FXI levels were identified by data filtering and in silico predictions. This study of KNG1 and F11 loci should help to understand the connection between genotypic variation and variation in FXI levels. The functional genetic variants should be useful as markers of thromboembolic risk.
Ayudas:	Instituto de Salud Carlos III PI-11/0184 Instituto de Salud Carlos III PI-12/01494 Instituto de Salud Carlos III PI-15/00269 Instituto de Salud Carlos III RD12/0042/0032 Instituto de Salud Carlos III RD12/0042/0053 Instituto de Salud Carlos III FI12/00322
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicado en:	PloS one, Vol. 12 (april 2017) , ISSN 1932-6203

DOI: 10.1371/journal.pone.0176301
PMID: 28445521

15 p, 1.1 MB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias de la salud y biociencias > Institut de Recerca Sant Pau
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados