HuConTest : Testing Human Contamination in Great Ape Samples
Kuhlwilm, Martin 
(Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Fontsere, Claudia (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Han, Sojung 1984-
(Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Alvarez-Estape, Marina (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Marques-Bonet, Tomas 1975-
(Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont)
| Fecha: |
2021 |
| Resumen: |
Modern human contamination is a common problem in ancient DNA studies. We provide evidence that this issue is also present in studies in great apes, which are our closest living relatives, for example in noninvasive samples. Here, we present a simple method to detect human contamination in short-read sequencing data from different species: HuConTest. We demonstrate its feasibility using blood and tissue samples from these species. This test is particularly useful for more complex samples (such as museum and noninvasive samples) which have smaller amounts of endogenous DNA, as we show here. |
| Ayudas: |
Ministerio de Ciencia e Innovación PRE2018-083966
European Commission 864203
Agencia Estatal de Investigación BFU2017-86471-P
Agencia Estatal de Investigación CEX2018-000792-M
Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-880
|
| Nota: |
Altres ajuts: "la Caixa" Foundation (ID 100010434) |
| Derechos: |
Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.  |
| Lengua: |
Anglès |
| Documento: |
Article ; recerca ; Versió publicada |
| Materia: |
Contamination ;
Nonhuman primates ;
Next-generation sequencing ;
Fecal DNA ;
Ancient DNA |
| Publicado en: |
Genome biology and evolution, Vol. 13, Issue 6 (June 2021) , art. evab117, ISSN 1759-6653 |
DOI: 10.1093/gbe/evab117
PMID: 34038549
El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación >
Documentos de los grupos de investigación de la UAB >
Centros y grupos de investigación (producción científica) >
Ciencias >
Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont (ICP)Artículos >
Artículos de investigaciónArtículos >
Artículos publicados
Registro creado el 2022-02-20, última modificación el 2023-06-07
visitante ::
identificación
