visitante ::
identificación
|
|||||||||||||||
Buscar | Enviar | Ayuda | Servicio de Bibliotecas | Sobre el DDD | Català English Español |
Página principal > Artículos > Artículos publicados > ISOTOPE : |
Fecha: | 2021 |
Resumen: | Immunotherapies provide effective treatments for previously untreatable tumors and identifying tumor-specific epitopes can help elucidate the molecular determinants of therapy response. Here, we describe a pipeline, ISOTOPE (ISOform-guided prediction of epiTOPEs In Cancer), for the comprehensive identification of tumor-specific splicing-derived epitopes. Using RNA sequencing and mass spectrometry for MHC-I associated proteins, ISOTOPE identified neoepitopes from tumor-specific splicing events that are potentially presented by MHC-I complexes. Analysis of multiple samples indicates that splicing alterations may affect the production of self-epitopes and generate more candidate neoepitopes than somatic mutations. Although there was no difference in the number of splicing-derived neoepitopes between responders and non-responders to immune therapy, higher MHC-I binding affinity was associated with a positive response. Our analyses highlight the diversity of the immunogenic impacts of tumor-specific splicing alterations and the importance of studying splicing alterations to fully characterize tumors in the context of immunotherapies. ISOTOPE is available at https://github. com/comprna/ISOTOPE. |
Ayudas: | Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca SGR2017-1020 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca SGR2017-00519 Agencia Estatal de Investigación BIO2017-85364-R Agencia Estatal de Investigación CEX2018-000782-M Instituto de Salud Carlos III FI18/00034 Instituto de Salud Carlos III PT17/0009/0014 |
Derechos: | Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original. |
Lengua: | Anglès |
Documento: | Article ; recerca ; Versió publicada |
Publicado en: | PLoS computational biology, Vol. 17 Núm. 9 (september 2021) , p. e1009411, ISSN 1553-7358 |
22 p, 2.3 MB |