Quasispecies Fitness Partition to Characterize the Molecular Status of a Viral Population. Negative Effect of Early Ribavirin Discontinuation in a Chronically Infected HEV Patient
Gregori i Font, Josep (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Colomer-Castell, Sergi (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Campos, Carolina (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Ibañez Lligoña, Marta (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Garcia-Cehic, D. (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Rando-Segura, Ariadna (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Adombie, Caroline Melanie (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Pintó, Rosa M. (Universitat de Barcelona)
Guix, Susana (Universitat de Barcelona)
Bosch, Albert (Universitat de Barcelona)
Domingo, Esteban (Instituto de Salud Carlos III)
Gallego, Isabel (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa)
Perales Viejo, Celia (Universidad Autónoma de Madrid)
Cortese, Maria Francesca (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Tabernero, David (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Buti, Maria (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Riveiro Barciela, Mar (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Esteban Mur, Juan Ignacio (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Rodríguez Frías, Francisco (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Quer, Josep 1965- (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Universitat Autònoma de Barcelona

Date:	2022
Abstract:	The changes occurring in viral quasispecies populations during infection have been monitored using diversity indices, nucleotide diversity, and several other indices to summarize the quasispecies structure in a single value. In this study, we present a method to partition quasispecies haplotypes into four fractions according to their fitness: the master haplotype, rare haplotypes at two levels (those present at <0. 1%, and those at 0. 1-1%), and a fourth fraction that we term emerging haplotypes, present at frequencies.
Grants:	Instituto de Salud Carlos III PI19/00301
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Subject:	Deep-sequencing ; Fitness ; Mutagens ; Quasispecies ; Rare haplotypes ; Variability
Published in:	International journal of molecular sciences, Vol. 23 (november 2022) , ISSN 1422-0067

DOI: 10.3390/ijms232314654
PMID: 36498981

17 p, 2.4 MB

The record appears in these collections:
Articles > Research articles
Articles > Published articles