Impact of SNP calling quality on the detection of transmission ratio distortion in goats
Luigi Sierra, Maria Gracia (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Casellas Vidal, Joaquim (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Martínez, Amparo (Universidad de Córdoba)
Delgado Bermejo, Juan Vicente (Universidad de Córdoba)
Fernández Álvarez, Javier (Universidad de Córdoba)
Such i Martí, Francesc Xavier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Jordana i Vidal, Jordi (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Amills i Eras, Marcel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)

Publicació:	bioRxiv, 2021
Resum:	Transmission ratio distortion (TRD) is the preferential transmission of one specific allele to offspring at the expense of the other one. The existence of TRD is mostly explained by the segregation of genetic variants with deleterious effects on the developmental processes that go from the formation of gametes to fecundation and birth. A few years ago, a statistical methodology was implemented in order to detect TRD signals on a genome-wide scale as a first step to uncover the biological basis of TRD and reproductive success in domestic species. In the current work, we have analyzed the impact of SNP calling quality on the detection of TRD signals in a population of Murciano-Granadina goats. Seventeen bucks and their offspring (N=288) were typed with the Goat SNP50 BeadChip, while the genotypes of the dams were lacking. Performance of a genome-wide scan revealed the existence of 36 SNPs showing significant evidence of TRD. When we calculated GenTrain scores for each one of the SNPs, we observed that 25 SNPs showed scores below 0. 8. The allele frequencies of these SNPs in the offspring were not correlated with the allele frequencies estimated in the dams with statistical methods, thus evidencing that flawed SNP calling quality might lead to the detection of spurious TRD signals. We conclude that, when performing TRD scans, the GenTrain scores of markers should be taken into account to discriminate SNPs that are truly under TRD from those yielding spurious signals due to technical problems.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Llengua:	Anglès
Document:	Working paper ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Transmission ratio distortion ; GenTrain score ; Genotyping ; Mendelian segregation

DOI: 10.1101/2021.06.09.447792

16 p, 574.7 KB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Grup de Recerca en Remugants (G2R)
Documents de recerca > Working papers