Transcriptional diversity in specific synaptic gene sets discriminates cortical neuronal identity
Roig Adam, Amparo (Vrije Universiteit Amsterdam)
Martínez-López, José A. (Karolinska Institutet (Estocolm, Suècia))
van der Spek, Sophie J. F. (Vrije Universiteit Amsterdam)
Achsel, Tilmann (University of Lausanne (Suïssa))
Andres-Alonso, Maria (RG Leibniz Institute for Neurobiology (Alemanya))
Bagni, Claudia (University of Rome Tor Vergata (Itàlia))
Bayés, Àlex (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Biederer, Thomas (Yale School of Medicine (Estats Units d'Amèrica))
Brose, Nils (Max Planck Institute of Multidisciplinary Sciences (Alemanya))
Chua, John Jia En (Institute of Molecular and Cell Biology. Agency for Science. Technology and Research (A*STAR) (Singapur))
Coba, Marcelo (University of Southern California)
Cornelisse, Lennart Niels (Amsterdam University Medical Center (UMC) (Països Baixos))
de Juan-Sanz, Jaime (Sorbonne Université (França))
Goldschmidt, Hana L. (Johns Hopkins University (Estats Units d'Amèrica))
Gundelfinger, Eckart (Otto Von Guericke University (Alemanya))
Huganir, Richard (The Johns Hopkins University School of Medicine (Estats Units d'Amèrica))
Imig, Cordelia (University of Copenhagen)
Jahn, Reinhard (University of Goettingen (Alemanya))
Jung, Hwajin (Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST)(Corea del Sud))
Kaeser, Pascal S. (Harvard Medical School)
Kim, Eunjoon K. (Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST) (Corea del Sud))
Koopmans, Frank (Leibniz-Forschungsinstitut Für Molekulare Pharmakologie (Països Baixos))
Kreutz, Michael R. (University MC. Hamburg-Eppendorf (Alemanya))
Lipstein, Noa (Leibniz-Forschungsinstitut Für Molekulare Pharmakologie (Alemanya))
MacGillavry, Harold (Utrecht University Kruytgebouw (Països Baixos))
McPherson, Peter (McGill University (Canadà))
O'Connor, Vincent (University of Southampton (Regne Unit))
Pielot, Rainer (CBBS (Alemanya))
Ryan, Timothy (Weill Cornell Medicine (Estats Units d'Amèrica))
Sala, Carlo (CNR Neuroscience Institute Milan (Itàlia))
Sheng, Morgan H. (Massachusetts Institute of Technology (MIT)(Estats Units d'Amèrica))
Smalla, Karl Heinz (CBBS (Alemanya))
Thomas, Paul (University of Southern California)
Toonen, Ruud (Vrije Universiteit Amsterdam)
van Weering, Jan (Amsterdam University Medical Center (UMC))
Verpelli, Chiara (CNR Neuroscience Institute Milan (Itàlia))
Sullivan, Patrick F. (University of North Carolina (Estats Units d'Amèrica))
Smit, August (Vrije Universiteit Amsterdam)
Verhage, Matthijs (Amsterdam University Medical Center (UMC))
Hjerling-Leffler, Jens (Karolinska Institutet (Estocolm, Suècia))
Universitat Autònoma de Barcelona

Data:	2023
Resum:	Synapse diversity has been described from different perspectives, ranging from the specific neurotransmitters released, to their diverse biophysical properties and proteome profiles. However, synapse diversity at the transcriptional level has not been systematically identified across all synapse populations in the brain. To quantify and identify specific synaptic features of neuronal cell types we combined the SynGO (Synaptic Gene Ontology) database with single-cell RNA sequencing data of the mouse neocortex. We show that cell types can be discriminated by synaptic genes alone with the same power as all genes. The cell type discriminatory power is not equally distributed across synaptic genes as we could identify functional categories and synaptic compartments with greater cell type specific expression. Synaptic genes, and specific SynGO categories, belonged to three different types of gene modules: gradient expression over all cell types, gradient expression in selected cell types and cell class- or type-specific profiles. This data provides a deeper understanding of synapse diversity in the neocortex and identifies potential markers to selectively identify synapses from specific neuronal populations.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Animals ; Brain ; Gene Regulatory Networks ; Mice
Publicat a:	Biology direct, Vol. 18 Núm. 1 (december 2023) , p. 22, ISSN 1745-6150

DOI: 10.1186/s13062-023-00372-y
PMID: 37161421

10 p, 5.8 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut de Recerca Sant Pau
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats