GPCRmd uncovers the dynamics of the 3D-GPCRome
Rodríguez-Espigares, Ismael (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya))
Torrens-Fontanals, Mariona (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya))
Tiemann, Johanna K. S (Medical University Leipzig. Institute of Medical Physics and Biophysics)
Aranda-García, David (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya))
Ramírez-Anguita, Juan Manuel (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya))
Stepniewski, Tomasz Maciej (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya))
Worp, Nathalie (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya))
Varela-Rial, Alejandro (Universitat Pompeu Fabra)
Morales-Pastor, Adrián (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya))
Medel-Lacruz, Brian (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya))
Pándy-Szekeres, Gáspár (University of Copenhagen)
Mayol, Eduardo (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Pediatria, Obstetrícia i Ginecologia i de Medicina Preventiva i Salut Pública)
Giorgino, Toni (University of Milan)
Carlsson, Jens (Uppsala University)
Deupi, Xavier (Paul Scherrer Institute. Laboratory of Biomolecular Research)
Filipek, Slawomir (University of Warsaw)
Filizola, Marta (Icahn School of Medicine at Mount Sinai (Nova York, Estats Units d'Amèrica))
Gómez-Tamayo, José Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Pediatria, Obstetrícia i Ginecologia i de Medicina Preventiva i Salut Pública)
Gonzalez, Angel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Pediatria, Obstetrícia i Ginecologia i de Medicina Preventiva i Salut Pública)
Gutiérrez-de-Terán, Hugo (Uppsala University)
Jiménez-Rosés, Mireia (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Pediatria, Obstetrícia i Ginecologia i de Medicina Preventiva i Salut Pública)
Jespers, Willem (Uppsala University)
Kapla, Jon (Uppsala University)
Khelashvili, George (Weill Medical College of Cornell University, New York, NY, USA)
Kolb, Peter (Philipps-University Marburg)
Latek, Dorota (University of Warsaw)
Marti-Solano, Maria (Philipps-University Marburg)
Matricon, Pierre (Uppsala University)
Matsoukas, Minos-Timotheos (University of Patras)
Miszta, Przemyslaw (University of Warsaw)
Olivella, Mireia (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Pediatria, Obstetrícia i Ginecologia i de Medicina Preventiva i Salut Pública)
Pérez-Benito, Laura (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Pediatria, Obstetrícia i Ginecologia i de Medicina Preventiva i Salut Pública)
Provasi, Davide (Icahn School of Medicine at Mount Sinai (Nova York, Estats Units d'Amèrica))
Ríos, Santiago (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Pediatria, Obstetrícia i Ginecologia i de Medicina Preventiva i Salut Pública)
Rodríguez Torrecillas, Iván (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Pediatria, Obstetrícia i Ginecologia i de Medicina Preventiva i Salut Pública)
Sallander, Jessica (Uppsala University)
Sztyler, Agnieszka (University of Warsaw)
Vasile, Silvana (Uppsala University)
Weinstein, Harel (Weill Medical College of Cornell University, New York, NY, USA)
Zachariae, Ulrich (University of Dundee)
Hildebrand, Peter Werner (Medical University Leipzig. Institute of Medical Physics and Biophysics)
De Fabritiis, Gianni (Universitat Pompeu Fabra)
Sanz, Ferran (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya))
Gloriam, David E. (University of Copenhagen)
Cordomí Montoya, Arnau (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Pediatria, Obstetrícia i Ginecologia i de Medicina Preventiva i Salut Pública)
Guixà González, Ramon (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Pediatria, Obstetrícia i Ginecologia i de Medicina Preventiva i Salut Pública)
Selent, Jana (Hospital del Mar (Barcelona, Catalunya))

Data:	2020
Resum:	G-protein-coupled receptors (GPCRs) are involved in numerous physiological processes and are the most frequent targets of approved drugs. The explosion in the number of new three-dimensional (3D) molecular structures of GPCRs (3D-GPCRome) over the last decade has greatly advanced the mechanistic understanding and drug design opportunities for this protein family. Molecular dynamics (MD) simulations have become a widely established technique for exploring the conformational landscape of proteins at an atomic level. However, the analysis and visualization of MD simulations require efficient storage resources and specialized software. Here we present GPCRmd (http://gpcrmd. org/), an online platform that incorporates web-based visualization capabilities as well as a comprehensive and user-friendly analysis toolbox that allows scientists from different disciplines to visualize, analyze and share GPCR MD data. GPCRmd originates from a community-driven effort to create an open, interactive and standardized database of GPCR MD simulations.
Ajuts:	Ministerio de Educación, Cultura y Deporte FPU16/01209 Ministerio de Economía y Competitividad MDM-2014-0370 Agencia Estatal de Investigación BIO2017-82628-P European Commission 823712 Ministerio de Economía y Competitividad PI15/00460 Instituto de Salud Carlos III PI18/00094
Nota:	Altres ajuts: National Center of Science, Poland (grant number 2017/27/N/NZ2/02571, DEC-2012/07/D/NZ1/04244, 2017/25/B/NZ7/02788); Secretaria d'Universitats i Recerca del Departament d'Economia i Coneixement de la Generalitat de Catalunya (2015 FI_B00145); German Research Foundation DFG for Heisenberg professorship (KO4095/4-1, KO4095/5-1, KO4095/3-1); Swedish Research Council (2017-4676)
Drets:	Aquest material està protegit per drets d'autor i/o drets afins. Podeu utilitzar aquest material en funció del que permet la legislació de drets d'autor i drets afins d'aplicació al vostre cas. Per a d'altres usos heu d'obtenir permís del(s) titular(s) de drets.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió acceptada per publicar
Publicat a:	Nature Methods, Vol. 17, Núm. 8 (August 2020) , p. 777-787, ISSN 1548-7105

DOI: 10.1038/s41592-020-0884-y
PMID: 32661425

Postprint 33 p, 5.8 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats