Strategies for annotation and curation of translational databases: the eTUMOUR project
Julià Sapé, Ma. Margarita (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Lurgi Rivera, Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Mier, Mariola (Pharma Quality Europe (PQE) (Itàlia))
Estanyol, Francesc (Microart SL (Barcelona))
Rafael, Xavier (Microart SL (Barcelona))
Candiota Silveira, Ana Paula (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Barceló Vernet, Anna (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Torres Garcia, Alina (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Martínez Bisbal, M. Carmen (Universitat de València. Departament de Química Física)
Ferrer Luna, Rubén (Universitat de València. Departament de Química Física)
Moreno Torres, Angel (Centro de Investigación Biomédica en Red de Bioingeniería, Biomateriales y Nanomedicina)
Celda Muñoz, Bernardo (Universitat de València. Departament de Química Física)
Arús i Caraltó, Carles (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)

Date:	2012
Abstract:	The eTUMOUR (eT) multi-centre project gathered in vivo and ex vivo magnetic resonance (MR) data, as well as transcriptomic and clinical information from brain tumour patients, with the purpose of improving the diagnostic and prognostic evaluation of future patients. In order to carry this out, among other work, a database-the eTDB-was developed. In addition to complex permission rules and software and management quality control (QC), it was necessary to develop anonymization, processing and data visualization tools for the data uploaded. It was also necessary to develop sophisticated curation strategies that involved on one hand, dedicated fields for QC-generated meta-data and specialized quèries and global permissions for senior curators and on the other, to establish a set of metrics to quantify its contents. The indispensable dataset (ID), completeness and pairedness indices were set. The database contains 1317 cases created as a result of the eT project and 304 from a previous project, INTERPRET. The number of cases fulfilling the ID was 656. Completeness and pairedness were heterogeneous, depending on the data type involved.
Grants:	Ministerio de Economía y Competitividad SAF2008-03323
Note:	Altres ajuts: LSHC/CT2004-503094
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Published in:	Database, Vol. 2012, Num. bas035 (2012) , p. 1-6, ISSN 1758-0463

DOI: 10.1093/database/bas035
PMID: 23180768

16 p, 1.3 MB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Health sciences and biosciences > Institut de Biotecnologia i de Biomedicina (IBB)
Articles > Research articles
Articles > Published articles