Strategies for annotation and curation of translational databases: the eTUMOUR project
Julià Sapé, Ma. Margarita (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Lurgi Rivera, Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Mier, Mariola (Pharma Quality Europe (PQE) (Itàlia))
Estanyol, Francesc (Microart SL (Barcelona))
Rafael, Xavier (Microart SL (Barcelona))
Candiota Silveira, Ana Paula (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i Biologia Molecular)
Barceló Vernet, Anna (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Torres Garcia, Alina (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Martínez Bisbal, M. Carmen (Universidad de València. Departament de Química Física)
Ferrer Luna, Rubén (Universidad de València. Departament de Química Física)
Moreno Torres, Àngel (Centro de Investigación Biomédica en Red en Bioingeniería, Biomateriales y Nanomedicina (CIBER-BBN))
Celda Muñoz, Bernardo (Universidad de València. Departament de Química Física)
Arús i Caraltó, Carles (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i Biologia Molecular)

Date: 2012
Abstract: The eTUMOUR (eT) multi-centre project gathered in vivo and ex vivo magnetic resonance (MR) data, as well as transcriptomic and clinical information from brain tumour patients, with the purpose of improving the diagnostic and prognostic evaluation of future patients. In order to carry this out, among other work, a database—the eTDB—was developed. In addition to complex permission rules and software and management quality control (QC), it was necessary to develop anonymization, processing and data visualization tools for the data uploaded. It was also necessary to develop sophisticated curation strategies that involved on one hand, dedicated fields for QC-generated meta-data and specialized quèries and global permissions for senior curators and on the other, to establish a set of metrics to quantify its contents. The indispensable dataset (ID), completeness and pairedness indices were set. The database contains 1317 cases created as a result of the eT project and 304 from a previous project, INTERPRET. The number of cases fulfilling the ID was 656. Completeness and pairedness were heterogeneous, depending on the data type involved.
Note: Número d'acord de subvenció MINECO/SAF2008-03323
Note: Número d'acord de subvenció LSHC/CT2004-503094
Rights: Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. Creative Commons
Language: Anglès.
Document: article ; recerca ; publishedVersion
Published in: Database (Oxford), Vol. 2012, Num. bas035 (2012) , p. 1-6, ISSN 1758-0463

DOI: 10.1093/database/bas035
PMID: 23180768


16 p, 1.3 MB

The record appears in these collections:
Articles > Research articles
Articles > Published articles

 Record created 2017-04-07, last modified 2018-10-21



   Favorit i Compartir