Web of Science: 6 citations, Scopus: 6 citations, Google Scholar: citations,
PopHuman : the human population genomics browser
Casillas Viladerrams, Sònia (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasi")
Mulet, Roger (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasi")
Villegas-Mirón, Pablo (Universitat Pompeu Fabra. Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC))
Hervas Fernández, Sergi (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasi")
Sanz, Esteve (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei de Genòmica i Bioinformàtica)
Velasco, Daniel (Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasi")
Bertranpetit, Jaume (Universitat Pompeu Fabra. Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC))
Laayouni, Hafid (Bioinformatics Studies, ESCI-UPF)
Barbadilla Prados, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei de Genòmica i Bioinformàtica)
Universitat Autònoma de Barcelona. Department de Genética i de Microbiologia

Date: 2017
Note: Número d'acord de subvenció MINECO/BFU/2013-42649-P
Note: Número d'acord de subvenció MINECO/BFU/2016-77961-P
Note: Número d'acord de subvenció AGAUR/2014/SGR-1346
Note: Número d'acord de subvenció AGAUR/2014/SGR-866
Note: Altres ajuts: PEJ-2014 84 million variants. The availability of this sequence data provides the human lineage with an invaluable resource for population genomics studies, allowing the testing of molecular population genetics hypotheses and eventually the understanding of the evolutionary dynamics of genetic variation in human populations. Here we present PopHuman, a new population genomics-oriented genome browser based on JBrowse that allows the interactive visualization and retrieval of an extensive inventory of population genetics metrics. Efficient and reliable parameter estimates have been computed using a novel pipeline that faces the unique features and limitations of the 1000GP data, and include a battery of nucleotide variation measures, divergence and linkage disequilibrium parameters, as well as different tests of neutrality, estimated in non-overlapping windows along the chromosomes and in annotated genes for all 26 populations of the 1000GP. PopHuman is open and freely available at http://pophuman.uab.cat
Rights: Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original. Creative Commons
Language: Anglès.
Document: article ; recerca ; publishedVersion
Published in: Nucleic acids research, Vol. 46 (October 2017) , p. D1003-D1010, ISSN 1362-4962

PMID: 29059408
DOI: 10.1093/nar/gkx943


8 p, 532.3 KB

The record appears in these collections:
Articles > Research articles
Articles > Published articles

 Record created 2018-02-08, last modified 2019-05-22



   Favorit i Compartir