PopHuman : the human population genomics browser
Casillas Viladerrams, Sònia (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Mulet, Roger (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Villegas-Mirón, Pablo (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Hervás Fernández, Sergi (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Sanz, Esteve (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei de Genòmica)
Velasco, Daniel (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Bertranpetit, Jaume (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Laayouni, Hafid (Universitat Pompeu Fabra. Escola Superior de Comerç Internacional (ESCI-UPF))
Barbadilla Prados, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei de Genòmica)
Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia

Date:	2017
Grants:	Ministerio de Economía y Competitividad BFU/2013-42649-P Ministerio de Economía y Competitividad BFU/2016-77961-P Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2014/SGR-1346 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2014/SGR-866
Note:	Altres ajuts: PEJ-2014 84 million variants. The availability of this sequence data provides the human lineage with an invaluable resource for population genomics studies, allowing the testing of molecular population genetics hypotheses and eventually the understanding of the evolutionary dynamics of genetic variation in human populations. Here we present PopHuman, a new population genomics-oriented genome browser based on JBrowse that allows the interactive visualization and retrieval of an extensive inventory of population genetics metrics. Efficient and reliable parameter estimates have been computed using a novel pipeline that faces the unique features and limitations of the 1000GP data, and include a battery of nucleotide variation measures, divergence and linkage disequilibrium parameters, as well as different tests of neutrality, estimated in non-overlapping windows along the chromosomes and in annotated genes for all 26 populations of the 1000GP. PopHuman is open and freely available at http://pophuman.uab.cat
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Published in:	Nucleic acids research, Vol. 46 (October 2017) , p. D1003-D1010, ISSN 1362-4962

DOI: 10.1093/nar/gkx943
PMID: 29059408

8 p, 532.3 KB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Health sciences and biosciences > Institut de Biotecnologia i de Biomedicina (IBB)
Articles > Research articles
Articles > Published articles