Web of Science: 14 citations, Scopus: 12 citations, Google Scholar: citations,
A Comparison of RNA-Seq Results from Paired Formalin-Fixed Paraffin-Embedded and Fresh-Frozen Glioblastoma Tissue Samples
Esteve-Codina, Anna (Centre de Regulació Genòmica)
Arpi, Oriol (Institut Hospital del Mar d’Investigacions Mèdiques (IMIM))
Martinez-García, Maria (Hospital del Mar. Oncologia mèdica)
Pineda, Estela (Hospital Clínic. Oncologia mèdica)
Mallo, Mar (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca Contra la Leucèmia Josep Carreras)
Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica)
Carrato, Cristina (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Rovira, Anna (Institut Hospital del Mar d’Investigacions Mèdiques (IMIM))
Lopez, Raquel (Hospital Josep Trueta.)
Tortosa, Avelina (Universitat de Barcelona, Departament d'Infermeria Fonamental)
Dabad, Marc (Centre de Regulació Genòmica)
Del Barco, Sonia (Institut Català d'Oncologia)
Heath, Simon (Centre de Regulació Genòmica)
Bagué, Silvia (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Ribalta, Teresa (Hospital Clínic)
Alameda, Francesc (Hospital del Mar)
de la Iglesia, Nuria (Institut d'Investigació Biomèdica August Pi i Sunyer (IDIBAPS))
Balaña, Carmen (Institut Germans Trias i Pujol. Institut Català d'Oncologia)
on behalf of the GLIOCAT Group
Glioma Catalonia Group (GLIOCAT)
Universitat Autònoma de Barcelona

Date: 2017
Abstract: The molecular classification of glioblastoma (GBM) based on gene expression might better explain outcome and response to treatment than clinical factors. Whole transcriptome sequencing using next-generation sequencing platforms is rapidly becoming accepted as a tool for measuring gene expression for both research and clinical use. Fresh frozen (FF) tissue specimens of GBM are difficult to obtain since tumor tissue obtained at surgery is often scarce and necrotic and diagnosis is prioritized over freezing. After diagnosis, leftover tissue is usually stored as formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue. However, RNA from FFPE tissues is usually degraded, which could hamper gene expression analysis. We compared RNA-Seq data obtained from matched pairs of FF and FFPE GBM specimens. Only three FFPE out of eleven FFPE-FF matched samples yielded informative results. Several quality-control measurements showed that RNA from FFPE samples was highly degraded but maintained transcriptomic similarities to RNA from FF samples. Certain issues regarding mutation analysis and subtype prediction were detected. Nevertheless, our results suggest that RNA-Seq of FFPE GBM specimens provides reliable gene expression data that can be used in molecular studies of GBM if the RNA is sufficiently preserved.
Note: Número d'acord de subvenció MINECO/RTICC/RD12/0036/0044
Note: Número d'acord de subvenció AGAUR/SGR541
Note: Número d'acord de subvenció ISCIII/PT13/0001
Note: Número d'acord de subvenció ISCIII/PTA2014-09515-I
Note: Altres ajuts: Fundació La Marató TV3, Project: 665/C/2013
Rights: Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original. Creative Commons
Language: Anglès.
Document: article ; recerca ; publishedVersion
Published in: Plos one, 2017, p. 1-18

DOI: 10.1371/journal.pone.0170632
PMID: 28122052


18 p, 2.0 MB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (scientific output) > Health sciences and biosciences > Institut d'Investigació en Ciencies de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP)
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (scientific output) > Health sciences and biosciences > Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau
Articles > Research articles
Articles > Published articles

 Record created 2018-10-05, last modified 2019-05-15



   Favorit i Compartir