Selective single molecule sequencing and assembly of a human Y chromosome of African origin
Kuderna, Lukas (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Lizano, Esther (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Julià, Eva (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Gómez-Garrido, Jessica (Centre de Regulació Genòmica)
Serres-Armero, Aitor (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Kuhlwilm, Martin (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Antoni Alandes, Regina (Centre de Regulació Genòmica)
Alvarez-Estape, Marina (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Juan, David (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Heath, Simon (Centre de Regulació Genòmica)
Alioto, Tyler Scott (Centre de Regulació Genòmica)
Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica)
Gut, Ivo (Centre de Regulació Genòmica)
Schierup, Mikkel Heide (Aarhus University. Bioinformatics Research Center)
Fornas, Òscar (Centre de Regulació Genòmica)
Marquès i Bonet, Tomàs 1975- (Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont)

Data:	2019
Resum:	Mammalian Y chromosomes are often neglected from genomic analysis. Due to their inherent assembly difficulties, high repeat content, and large ampliconic regions, only a handful of species have their Y chromosome properly characterized. To date, just a single human reference quality Y chromosome, of European ancestry, is available due to a lack of accessible methodology. To facilitate the assembly of such complicated genomic territory, we developed a novel strategy to sequence native, unamplified flow sorted DNA on a MinION nanopore sequencing device. Our approach yields a highly continuous assembly of the first human Y chromosome of African origin. It constitutes a significant improvement over comparable previous methods, increasing continuity by more than 800%. Sequencing native DNA also allows to take advantage of the nanopore signal data to detect epigenetic modifications in situ. This approach is in theory generalizable to any species simplifying the assembly of extremely large and repetitive genomes.
Ajuts:	Ministerio de Economía y Competitividad BFU2014-55090-P Agencia Estatal de Investigación BFU2017-86471-P Ministerio de Ciencia e Innovación FJCI2016-29558
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicat a:	Nature communications, Vol. 10 (January 2019) , art. 4, ISSN 2041-1723

DOI: 10.1038/s41467-018-07885-5
PMID: 30602775

8 p, 1.1 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont (ICP)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats