Web of Science: 28 citations, Scopus: 27 citations, Google Scholar: citations,
Selective single molecule sequencing and assembly of a human Y chromosome of African origin
Kuderna, Lukas (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Lizano, Esther (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Julià, Eva (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Gómez-Garrido, Jessica (Centre de Regulació Genòmica)
Serres-Armero, Aitor (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Kuhlwilm, Martin (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Antoni Alandes, Regina (Centre de Regulació Genòmica)
Alvarez-Estape, Marina (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
David Juan (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Heath, Simon (Centre de Regulació Genòmica)
Alioto, Tyler (Centre de Regulació Genòmica)
Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica)
Gut, Ivo (Centre de Regulació Genòmica)
Heide Schierup, Mikkel (Aarhus University. Bioinformatics Research Center)
Fornas, Oscar (Centre de Regulació Genòmica)
Marques-Bonet, Tomas, 1975- (Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont)

Date: 2019
Abstract: Mammalian Y chromosomes are often neglected from genomic analysis. Due to their inherent assembly difficulties, high repeat content, and large ampliconic regions, only a handful of species have their Y chromosome properly characterized. To date, just a single human reference quality Y chromosome, of European ancestry, is available due to a lack of accessible methodology. To facilitate the assembly of such complicated genomic territory, we developed a novel strategy to sequence native, unamplified flow sorted DNA on a MinION nanopore sequencing device. Our approach yields a highly continuous assembly of the first human Y chromosome of African origin. It constitutes a significant improvement over comparable previous methods, increasing continuity by more than 800%. Sequencing native DNA also allows to take advantage of the nanopore signal data to detect epigenetic modifications in situ. This approach is in theory generalizable to any species simplifying the assembly of extremely large and repetitive genomes.
Grants: Ministerio de Economía y Competitividad BFU2014-55090-P
Ministerio de Economía y Competitividad BFU2017-86471-P
Ministerio de Ciencia e Innovación FJCI2016-29558
Rights: Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original. Creative Commons
Language: Anglès
Document: Article ; recerca ; Versió publicada
Published in: Nature communications, Vol. 10 (January 2019) , art. 4, ISSN 2041-1723

DOI: 10.1038/s41467-018-07885-5
PMID: 30602775

8 p, 1.1 MB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Experimental sciences > Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont (ICP)
Articles > Research articles
Articles > Published articles

 Record created 2019-01-15, last modified 2022-05-19

   Favorit i Compartir