Expression patterns and genetic variation of the ovine skeletal muscle transcriptome of sheep from five Spanish meat breeds
Noce, Antonia (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Cardoso, Tainã Figueiredo (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Manunza, Arianna (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Martinez, Amparo (Universidad de Córdoba. Departamento de Genética)
Cánovas, Angela (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)
Pons Barro, Agueda (Servei de Millora Agrària i Pesquera (SEMILLA))
Bermejo Asensio, Luis Alberto (Universidad de La Laguna)
Landi, Vincenzo (Universidad de Córdoba. Departamento de Genética)
Sánchez Bonastre, Armando (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Jordana i Vidal, Jordi (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Delgado Bermejo, Juan Vicente (Universidad de Córdoba. Departamento de Genética)
Adán Belmonte, Silvia (Federación de Razas Autóctonas de Galicia (BOAGA))
Capote, Juan (Instituto Canario de Investigaciones Agrarias)
Vidal i Fàbrega, Oriol (Universitat de Girona. Departament de Biologia)
Pazzola, Michele (University of Sassari. Department of Veterinary Medicine)
Vacca, Giuseppe Massimo (University of Sassari. Department of Veterinary Medicine)
Casellas Vidal, Joaquim (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)
Amills i Eras, Marcel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)

Data:	2018
Resum:	The goal of the current study is to analyse the gene expression profile of the ovine skeletal muscle as well as to characterize the genetic variation of transcripts expressed in such tissue. This aim has been achieved by sequencing the longissimus dorsi transcriptomes of 50 sheep distributed in five pools representing the Canaria de Pelo, Roja Mallorquina, Gallega, Xisqueta and Ripollesa Spanish autochthonous breeds. Approximately, 363 million reads per pool have been produced and 71. 9-82. 9% have been successfully mapped to the ovine genome in a paired-end mode (2 X 75 bp). The 200 most expressed muscle transcripts (-1% of the total transcript count) account for 51% (Canaria de Pelo) to 67% (Gallega) of the total ovine skeletal muscle mRNA expression. These highly expressed genes play key roles in pathways related with striated muscle contraction, gluconeogenesis, glycolysis, citric acid cycle and respiratory electron transport. RNA-Sequencing of muscle transcripts has also revealed that -72% of the SNPs detected with this approach are shared by at least two pools, and 10% of them segregate in the five pools under analysis. Most of the substitutions detected by RNA-Seq are synonymous or missense and only a minority are predicted to have consequences on protein function.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicat a:	Scientific reports, Vol. 8 (2018) , art. 10486, ISSN 2045-2322

DOI: 10.1038/s41598-018-28760-9
PMID: 29993012

7 p, 1.4 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats