Extreme genomic erosion after recurrent demographic bottlenecks in the highly endangered Iberian lynx
Abascal, Federico (Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas)
Corvelo, André (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Cruz, Fernando (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Villanueva-Cañas, José L. (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Vlasova, Anna (Centre de Regulació Genòmica)
Marcet-Houben, Marina ![Identificador ORCID](/img/uab/orcid.ico)
(Centre de Regulació Genòmica)
Martínez-Cruz, Begoña (Estación Biológica de Doñana)
Cheng, Jade Yu (Aarhus University. Bioinformatics Research Centre)
Prieto, Pablo (Centre de Regulació Genòmica)
Quesada, Víctor
(Universidad de Oviedo. Instituto Universitario de Oncología)
Quilez, Javier
(Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Li, Gang (Texas A;M University. Department of Veterinary Integrative Biosciences)
García, Francisca
(Universitat Autònoma de Barcelona. Servei de Cultius Cel·lulars, Producció d'Anticossos i Citometria)
Rubio-Camarillo, M. (Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas)
Frias, Leonor (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Ribeca, Paolo (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Capella-Gutiérrez, Salvador (Centre de Regulació Genòmica)
Rodríguez, J. M. (Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas)
Câmara, F. (Centre de Regulació Genòmica)
Lowy, Ernesto (Centre de Regulació Genòmica)
Cozzuto, Luca
(Centre de Regulació Genòmica)
Erb, Ionas
(Centre de Regulació Genòmica)
Tress, M. L. (Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas)
Rodriguez-Ales, J. L. (Centre de Regulació Genòmica)
Ruiz-Orera, J. (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Reverter, F. (Centre de Regulació Genòmica)
Casas-Marce, M. (Estación Biológica de Doñana)
Soriano, L. (Estación Biológica de Doñana)
Arango, Javier R (Universidad de Oviedo. Departamento de Bioquímica y Biología Molecular)
Derdak, Sophia (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Galán, Beatriz (Centro de Investigaciones Biológicas (Madrid))
Blanc, Julie (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Gut, Marta
(Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Lorente-Galdos, Belen
(Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Andrés Nieto, Marta
(Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
López-Otín, C. (Universidad de Oviedo. Departamento de Bioquímica y Biología Molecular)
Valencia, A. (Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas)
Gut, Ivo
(Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
García, J. L. (Centro de Investigaciones Biológicas (Madrid))
Guigó, R. (Centre de Regulació Genòmica)
Murphy, W. J. (Texas A;M University. Department of Veterinary Integrative Biosciences)
Ruiz-Herrera Moreno, Aurora
(Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Marques-Bonet, Tomas. 1975-
(Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Roma, Guglielmo (Centre de Regulació Genòmica)
Notredame, C. (Centre de Regulació Genòmica)
Mailund, Thomas (Aarhus University. Bioinformatics Research Centre)
Albà, M. Mar (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Gabaldón, Toni
(Centre de Regulació Genòmica)
Alioto, Tyler Scott
(Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Godoy, José A (Estación Biológica de Doñana)
Data: |
2016 |
Resum: |
Background: Genomic studies of endangered species provide insights into their evolution and demographic history, reveal patterns of genomic erosion that might limit their viability, and offer tools for their effective conservation. The Iberian lynx (Lynx pardinus) is the most endangered felid and a unique example of a species on the brink of extinction. - Results: ce generate the first annotated draft of the Iberian lynx genome and carry out genome-based analyses of lynx demography, evolution, and population genetics. We identify a series of severe population bottlenecks in the history of the Iberian lynx that predate its known demographic decline during the 20th century and have greatly impacted its genome evolution. We observe drastically reduced rates of weak-to-strong substitutions associated with GC-biased gene conversion and increased rates of fixation of transposable elements. We also find multiple signatures of genetic erosion in the two remnant Iberian lynx populations, including a high frequency of potentially deleterious variants and substitutions, as well as the lowest genome-wide genetic diversity reported so far in any species. -Conclusions: the genomic features observed in the Iberian lynx genome may hamper short- and long-term viability through reduced fitness and adaptive potential. The knowledge and resources developed in this study will boost the research on felid evolution and conservation genomics and will benefit the ongoing conservation and management of this emblematic species. |
Ajuts: |
European Commission 264125 Instituto de Salud Carlos III PT13/0001/0021 Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2012-0208 Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2012-0262
|
Drets: |
Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original. ![Creative Commons](/img/licenses/by.ico) |
Llengua: |
Anglès |
Document: |
Article ; recerca ; Versió publicada |
Matèria: |
Conservation genomics ;
Genetic diversity ;
Inbreeding ;
Genetic drift ;
Lynx |
Publicat a: |
Genome biology, Vol. 17 (2016) , art. 251, ISSN 1474-760X |
DOI: 10.1186/s13059-016-1090-1
PMID: 27964752
El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca >
Documents dels grups de recerca de la UAB >
Centres i grups de recerca (producció científica) >
Ciències de la salut i biociències >
Institut de Biotecnologia i de Biomedicina (IBB) Articles >
Articles de recercaArticles >
Articles publicats
Registre creat el 2020-06-22, darrera modificació el 2024-09-04