Novel Double Factor PGT strategy analyzing blastocyst stage embryos in a single NGS procedure
Del Rey Azpiri, Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Vidal, Francisco (Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Cardiovasculares)
Ramírez, Lorena (Banc de Sang i Teixits)
Borràs, Nina (Banc de Sang i Teixits)
Corrales Insa, Irene (Banc de Sang i Teixits)
Garcia, Iris (Banc de Sang i Teixits)
Martinez-Pasarell, Olga (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Fernandez, Silvia F. (Centre de Regulació Genòmica)
Garcia-Cruz, Raquel (Centre de Regulació Genòmica)
Pujol, Aïda (Centro de Infertilidad y Reproducción Humana (CIRH)- Eugin group, Barcelona)
Plaja Rustein, Alberto (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Salaverria, Itziar (Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer)
Oliver Bonet, Maria (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Benet i Català, Jordi (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Navarro i Ferreté, Joaquima (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)

Data:	2018
Resum:	In families at risk from monogenic diseases affected offspring, it is fundamental the development of a suitable Double Factor Preimplantation Genetic Testing (DF-PGT) method for both single-gene analysis and chromosome complement screening. Aneuploidy is not only a major issue in advanced-maternal-age patients and balanced translocation carriers, but also the aneuploidy rate is extremely high in patients undergoing in vitro fertilization (IVF), even in young donors. To adequate NGS technology to the DF-PGT strategy four different whole genome amplification systems (Sureplex, MALBAC, and two multiple displacement amplification systems-MDA) were tested using TruSight One panel on cell lines and blastocyst trophectoderm biopsies-TE. Embryo cytogenetic status was analyzed by Nexus software. Sureplex and MALBAC DNA products were considered not suitable for PGT diagnosis due to inconsistent and poor results on Trusight one (TSO) panel. Results obtained with both MDA based methods (GEH-MDA and RG-MDA) were appropriate for direct mutation detection by TSO NGS platform. Nevertheless, RG-MDA amplification products showed better coverage and lower ADO rates than GEH-MDA. The present work also demonstrates that the same TSO sequencing data is suitable not only for the direct mutation detection, but also for the indirect mutation detection by linkage analysis of informative SNPs. The present work also demonstrates that Nexus software is competent for the detection of CNV by using with TSO sequencing data from RG-MDA products, allowing for the whole cytogenetic characterization of the embryos. In conclusion, successfully development of an innovative and promising DF-PGT strategy using TSO-NGS technology in TE biopsies, performed in-house in a single laboratory experience, has been done in the present work. Additional studies should be performed before it could be used as a diagnostic alternative in order to validate this approach for the detection of chromosomal aneuploidies.
Ajuts:	Instituto de Salud Carlos III PI 080012 Instituto de Salud Carlos III PI 1100625 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2014/SGR-0903
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicat a:	PloS one, Vol. 13 (october 2018) , ISSN 1932-6203

DOI: 10.1371/journal.pone.0205692
PMID: 30332465

19 p, 2.3 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut de Recerca Sant Pau
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats