Hepatitis B Virus Variants with Multiple Insertions and/or Deletions in the X Open Reading Frame 3' End : Common Members of Viral Quasispecies in Chronic Hepatitis B Patients
García-García, Selene (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Caballero, Andrea (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Tabernero, David (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas)
Cortese, Maria Francesca (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas)
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Rodriguez-Algarra, Francisco (Queen Mary University of London)
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Riveiro Barciela, Mar (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Homs, Maria (Institut Català de la Salut)
Rando-Segura, Ariadna (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Pacín Ruiz, Beatriz (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Vila, Marta (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Ferrer-Costa, Roser (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Pumarola Suñé, Tomàs (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Buti, Maria (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Rodríguez Frías, Francisco (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)

Data:	2022
Resum:	Deletions in the 3' end region of the hepatitis B virus (HBV) X open reading frame (HBX) may affect the core promoter (Cp) and have been frequently associated with hepatocellular carcinoma (HCC). The aim of this study was to investigate the presence of variants with deletions and/or insertions (Indels) in this region in the quasispecies of 50 chronic hepatitis B (CHB) patients without HCC. We identified 103 different Indels in 47 (94%) patients, in a median of 3. 4% of their reads (IQR, 1. 3-8. 4%), and 25% (IQR, 13. 1-40. 7%) of unique sequences identified in each quasispecies (haplotypes). Of those Indels, 101 (98. 1%) caused 44 different altered stop codons, the most commonly observed were at positions 128, 129, 135, and 362 (putative position). Moreover, 39 (37. 9%) Indels altered the TATA-like box (TA) sequences of Cp; the most commonly observed caused TA2 + TA3 fusion, creating a new putative canonical TATA box. Four (8%) patients developed negative clinical outcomes after a median follow-up of 9. 4 (8. 7-12) years. In conclusion, we observed variants with Indels in the HBX 3' end in the vast majority of our CHB patients, some of them encoding alternative versions of HBx with potential functional roles, and/or alterations in the regulation of transcription.
Ajuts:	Instituto de Salud Carlos III PI18/01436 Instituto de Salud Carlos III PI19/00301 Ministerio de Economía y Competitividad IDI-20200297
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Hepatitis B virus ; Hepatitis B X open reading frame ; HBX 3' end region ; Insertions ; Deletions ; Quasispecies ; Next-generation sequencing
Publicat a:	Biomedicines, Vol. 10, Issue 5 (May 2022) , art. 1194, ISSN 2227-9059

DOI: 10.3390/biomedicines10051194
PMID: 35625929

18 p, 1.0 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats