Taxonomic identification of different species of the genus aeromonas by whole-genome sequencing and use of their species-specific Β-lactamases as phylogenetic markers
Bertran, Xavier (Hospital de la Santa Creu i Sant Pau (Barcelona, Catalunya))
Rubio, Marc (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Gómez Martínez, Laura (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Llovet, T. (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Muñoz-Batet, Carmen (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Navarro Risueño, Ferran (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Miró, Elisenda (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)

Data:	2021
Resum:	Some Aeromonas species, potentially pathogenic for humans, are known to express up to three different classes of chromosomal Β-lactamases, which may become hyperproduced and cause treatment failure. The aim of this study was to assess the utility of these species-specific Β-lactamase genes as phylogenetic markers using whole-genome sequencing data. Core-genome alignments were generated for 36 Aeromonas genomes from seven different species and scanned for antimicrobial resistance genes. Core-genome alignment confirmed the MALDI-TOF identification of most of the isolates and re-identified an A. hydrophila isolate as A. dhakensis. Three (B, C and D) of the four Ambler classes of Β-lactamase genes were found in A. sobria, A. allosacharophila, A. hydrophila and A. dhakensis (bla, bla and bla). A. veronii only showed class-B- and class-D-like matches (bla and bla), whereas those for A. media, A. rivipollensis and A. caviae were class C and D (bla, bla and bla). The phylogenetic tree derived from concatenated sequences of Β-lactamase genes successfully clustered each species. Some isolates also had resistance to sulfonamides, quinolones and aminoglycosides. Whole-genome sequencing proved to be a useful method to identify Aeromonas at the species level, which led to the unexpected identification of A. dhakensis and A. rivipollensis and revealed the resistome of each isolate.
Nota:	Altres ajuts: Departament de Microbobiologia de l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, i l'Institut de Recerca de l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	MOX ; FOX ; Cephamicinases ; Beta-lactamases ; Aeromonas dhakensis ; Aeromonas rivipollensis ; Core-genome
Publicat a:	Antibiotics, Vol. 10 Núm. 4 (april 2021) , p. 354, ISSN 2079-6382

DOI: 10.3390/antibiotics10040354
PMID: 33800590

13 p, 916.4 KB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats