SGnn : A Web Server for the Prediction of Prion-Like Domains Recruitment to Stress Granules Upon Heat Stress
Iglesias, Valentin (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Santos, Jaime (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Santos-Suárez, Juan (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Pintado-Grima, Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Ventura, Salvador (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)

Data:	2021
Resum:	Proteins bearing prion-like domains (PrLDs) are essential players in stress granules (SG) assembly. Analysis of data on heat stress-induced recruitment of yeast PrLDs to SG suggests that this propensity might be connected with three defined protein biophysical features: aggregation propensity, net charge, and the presence of free cysteines. These three properties can be read directly in the PrLDs sequences, and their combination allows to predict protein recruitment to SG under heat stress. On this basis, we implemented SGnn, an online predictor of SG recruitment that exploits a feed-forward neural network for high accuracy classification of the assembly behavior of PrLDs. The simplicity and precision of our strategy should allow its implementation to identify heat stress-induced SG-forming proteins in complete proteomes.
Ajuts:	Agencia Estatal de Investigación PID 2019-105017RB-I00 Ministerio de Ciencia e Innovación FPU17/01157
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Stress granules ; Prion-like domains ; Protein aggregation ; Yeast prions ; Bioinformatics ; Machine learning
Publicat a:	Frontiers in Molecular Biosciences, Vol. 8 (August 2021) , art. 718301, ISSN 2296-889X

DOI: 10.3389/fmolb.2021.718301
PMID: 34490351

8 p, 1.2 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut de Biotecnologia i de Biomedicina (IBB)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats