A Review of Fifteen Years Developing Computational Tools to Study Protein Aggregation
Pintado-Grima, Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Bárcenas, Oriol (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Bartolomé-Nafría, Andrea (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Fornt Suñé, Marc (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Iglesias, Valentin (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Garcia-Pardo, Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Ventura, Salvador (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Universitat Autònoma de Barcelona

Fecha:	2023
Resumen:	The presence of insoluble protein deposits in tissues and organs is a hallmark of many human pathologies. In addition, the formation of protein aggregates is considered one of the main bottlenecks to producing protein-based therapeutics. Thus, there is a high interest in rationalizing and predicting protein aggregation. For almost two decades, our laboratory has been working to provide solutions for these needs. We have traditionally combined the core tenets of both bioinformatics and wet lab biophysics to develop algorithms and databases to study protein aggregation and its functional implications. Here, we review the computational toolbox developed by our lab, including programs for identifying sequential or structural aggregation-prone regions at the individual protein and proteome levels, engineering protein solubility, finding and evaluating prion-like domains, studying disorder-to-order protein transitions, or categorizing non-conventional amyloid regions of polar nature, among others. In perspective, the succession of the tools we describe illustrates how our understanding of the protein aggregation phenomenon has evolved over the last fifteen years.
Ayudas:	Agencia Estatal de Investigación PID2019-105017RB-I00
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Materia:	Amyloid ; Bioinformatics ; Biophysics ; Computational tools ; Protein aggregation ; Protein folding ; Protein structure
Publicado en:	Biophysica, Vol. 3 Núm. 1 (January 2023) , ISSN 2673-4125

DOI: 10.3390/biophysica3010001

20 p, 3.7 MB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias de la salud y biociencias > Instituto de Biotecnología y de Biomedicina (IBB)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados