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Transmission of HIV drug resistance and the predicted effect on current first-line regimens in Europe
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Hofstra, L.M. (University Medical Center Utrecht) ;
Sauvageot, N. ;
Albert, J. ;
Alexiev, I. ;
Garcia, F. ;
Struck, D. ;
Van De Vijver, D.A.M.C. ;
Åsjö, B. ;
Beshkov, D. ;
Coughlan, S. ;
Descamps, D. ;
Griskevicius, A. ;
Hamouda, O. ;
Horban, A. ;
Van Kasteren, M. ;
Kolupajeva, T. ;
Kostrikis, L.G. ;
Liitsola, K. ;
Linka, M. ;
Mor, O. ;
Nielsen, C. ;
Otelea, D. ;
Paraskevis, D. ;
Paredes, R. ;
Puchhammer-Stöckl, E. (Medical University Vienna) ;
Sönnerborg, A. ;
Staneková, D. (Slovak Medical University) ;
Stanojevic, M. (University of Belgrade) ;
Van Laethem, K. ;
Zazzi, M. ;
Lepej, S.Z. ;
Boucher, C.A.B. ;
Schmit, J.C. ;
Wensing, A.M.J. ;
Puchhammer-Stockl, E. ;
Sarcletti, M. ;
Schmied, B. ;
Geit, M. ;
Balluch, G. ;
Vandamme, A. M. ;
Vercauteren, J. ;
Derdelinckx, I. ;
Sasse, A. ;
Bogaert, M. ;
Ceunen, H. ;
De Roo, A. ;
De Wit, S. ;
Echahidi, F. ;
Fransen, K. ;
Goffard, J.C. ;
Goubau, P. ;
Goudeseune, E. ;
Yombi, J.C. ;
Lacor, P. ;
Liesnard, C. ;
Moutschen, M. ;
Pierard, D. ;
Rens, R. ;
Schrooten, Y. ;
Vaira, D. ;
Vandekerckhove, L.P.R. ;
Van Den Heuvel, A. ;
Van Der Gucht, B. ;
Van Ranst, M. ;
Van Wijngaerden, E. ;
Vandercam, B. ;
Vekemans, M. ;
Verhofstede, C. ;
Clumeck, N. ;
Begovac, J. ;
Demetriades, I. ;
Kousiappa, I. ;
Demetriou, V. ;
Hezka, J. ;
Maly, M. ;
Machala, L. ;
Jørgensen, L.B. ;
Gerstoft, J. ;
Mathiesen, L. ;
Pedersen, C. ;
Nielsen, H. ;
Laursen, A. ;
Kvinesdal, B. ;
Ristola, M. ;
Suni, J. ;
Sutinen, J. ;
Assoumou, L. ;
Castor, G. ;
Grude, M. ;
Flandre, P. ;
Storto, A. ;
Kücherer, C. ;
Berg, T. ;
Braun, P. ;
Poggensee, G. ;
Däumer, M. ;
Eberle, J. ;
Heiken, H. ;
Kaiser, R. ;
Knechten, H. ;
Korn, K. ;
Müller, H. ;
Neifer, S. ;
Schmidt, B. ;
Walter, H. ;
Gunsenheimer-Bartmeyer, B. ;
Harrer, T. ;
Hatzakis, A. ;
Zavitsanou, A. ;
Vassilakis, A. ;
Lazanas, M. ;
Chini, M. ;
Lioni, A. ;
Sakka, V. ;
Kourkounti, S. ;
Paparizos, V. ;
Antoniadou, A. ;
Papadopoulos, A. ;
Poulakou, G. ;
Katsarolis, I. ;
Protopapas, K. ;
Chryssos, G. ;
Drimis, S. ;
Gargalianos, P. ;
Xylomenos, G. ;
Lourida, G. ;
Psichogiou, M. ;
Daikos, G.L. ;
Sipsas, N.V. ;
Kontos, A. ;
Gamaletsou, M.N. ;
Koratzanis, G. ;
Sambatakou, E. ;
Mariolis, H. ;
Skoutelis, A. ;
Papastamopoulos, V. ;
Georgiou, O. ;
Panagopoulos, P. ;
Maltezos, E. ;
De Gascun, C. ;
Byrne, C. ;
Duffy, M. ;
Bergin, C. ;
Reidy, D. ;
Farrell, G. ;
Lambert, Jo ;
O'Connor, E. ;
Rochford, A. ;
Low, J. ;
Coakely, P. ;
O'Dea, S. ;
Hall, W. ;
Levi, I. ;
Chemtob, D. ;
Grossman, Z. ;
De Luca, A. ;
Balotta, C. ;
Riva, C. ;
Mussini, C. ;
Caramma, I. ;
Capetti, A. ;
Colombo, M.C. ;
Rossi, C. ;
Prati, F. ;
Tramuto, F. ;
Vitale, F. ;
Ciccozzi, M. ;
Angarano, G. ;
Rezza, G. ;
Vasins, O. ;
Lipnickiene, V. ;
Hemmer, R. ;
Arendt, V. ;
Michaux, C. ;
Staub, T. ;
Sequin-Devaux, C. ;
Van Kessel, A. ;
Van Bentum, P.H.M. ;
Brinkman, K. ;
Connell, B.J. ;
Van Der Ende, M.E. ;
Hoepelman, I.M. ;
Kuipers, M. ;
Langebeek, N. ;
Richter, C. ;
Santegoets, R.M.W.J. ;
Schrijnders-Gudde, L. ;
Schuurman, R. ;
Van De Ven, B.J.M. ;
Kran, A.M.B. ;
Ormaasen, V. ;
Aavitsland, P. ;
Stanczak, J.J. ;
Stanczak, G.P. ;
Firlag-Burkacka, E. ;
Wiercinska-Drapalo, A. ;
Jablonowska, E. ;
Maolepsza, E. ;
Leszczyszyn-Pynka, M. ;
Szata, W. ;
Camacho, R. ;
Palma, C. ;
Borges, F. ;
Paixão, T. ;
Duque, V. ;
Araújo, F. ;
Paraschiv, S. ;
Tudor, A.M. ;
Cernat, R. ;
Chiriac, C. ;
Dumitrescu, F. ;
Prisecariu, L.J. ;
Jevtovic, D. ;
Salemovic, D. ;
Stanekova, D. ;
Habekova, M. ;
Chabadová, Z. ;
Drobkova, T. ;
Bukovinova, P. ;
Shunnar, A. ;
Truska, P. ;
Lunar, M. ;
Babic, D. ;
Tomazic, J. ;
Vidmar, L. ;
Vovko, T. ;
Karner, P. ;
Monge, S. ;
Moreno, S. ;
Del Amo, J. ;
Asensi, V. ;
Sirvent, J.L. ;
De Mendoza, C. ;
Delgado, Raquel (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau) ;
Gutiérrez, F. ;
Berenguer, J. ;
Garcia-Bujalance, S. ;
Stella, N. ;
De Los Santos, I. ;
Blanco, J.R. ;
Dalmau, D. ;
Rivero, M. ;
Segura, F. ;
Elías, M.J.P. ;
Álvarez, Mar ;
Chueca, N. ;
Rodríguez-Martín, C. ;
Vidal, C. ;
Palomares, J.C. ;
Viciana, I. ;
Viciana, P. ;
Cordoba, J. ;
Aguilera, A. ;
Domingo, Pere (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau) ;
Galindo, M.J. ;
Miralles, C. ;
Del Pozo, M.A. ;
Ribera, E. ;
Iribarren, J.A. ;
Ruiz, L. ;
De La Torre, J. ;
Vidal, F. ;
Clotet Sala, Bonaventura ;
Heidarian, A. ;
Aperia-Peipke, K. ;
Axelsson, M. ;
Mild, M. ;
Karlsson, A. ;
Thalme, A. ;
Naver, Lars ;
Bratt, G. ;
Blaxhult, A. ;
Gisslén, M. ;
Svennerholm, B. ;
Björkman, P. ;
Säll, C. ;
Mellgren, None ;
Lindholm, A. ;
Kuylenstierna, N. ;
Montelius, R. ;
Azimi, F. ;
Johansson, B. ;
Carlsson, M. ;
Johansson, E. ;
Ljungberg, B. ;
Ekvall, H. ;
Strand, A. ;
Mäkitalo, S. ;
Öberg, S. ;
Holmblad, P. ;
Höfer, M. ;
Holmberg, H. ;
Josefson, P. ;
Ryding, U. ;
Bergbrant, I. ;
Universitat Autònoma de Barcelona
Numerous studies have shown that baseline drug resistance patterns may influence the outcome of antiretroviral therapy. Therefore, guidelines recommend drug resistance testing to guide the choice of initial regimen. [...]
2016 -  10.1093/cid/civ963
Clinical Infectious Diseases, Vol. 62 Núm. 5 (january 2016) , p. 655-663
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HIV-1 Tropism Testing in Subjects Achieving Undetectable HIV-1 RNA : Diagnostic Accuracy, Viral Evolution and Compartmentalization
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Pou, Christian (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Codoñer, Francisco M. (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Thielen, Alexander (Max-Planck-Institut für Informatik, Saarbücken, Germany) ;
Bellido, Rocío (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Pérez-Álvarez, Susana (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Cabrera Navarro, Cecilia (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Dalmau, Judith (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Curriu Martí, Marta (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Lie, Yolanda (Monogram Biosciences Inc., South San Francisco, California, United States of America) ;
Noguera-Julian, Marc (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Puig, Jordi (Institut Germans Trias i Pujol. Fundació de Lluita Contra la Sida) ;
Martínez-Picado, Javier (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ;
Blanco, Julià (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Coakley, Eoin (Monogram Biosciences Inc., South San Francisco, California, United States of America) ;
Däumer, Martin (Institut für Immunologie und Genetik, Kaiserlautern, Germany) ;
Clotet Sala, Bonaventura (Institut Germans Trias i Pujol. Fundació de Lluita Contra la Sida) ;
Paredes, Roger (Institut Germans Trias i Pujol. Fundació de Lluita Contra la Sida) ;
Universitat Autònoma de Barcelona
Technically, HIV-1 tropism can be evaluated in plasma or peripheral blood mononuclear cells (PBMCs). However, only tropism testing of plasma HIV-1 has been validated as a tool to predict virological response to CCR5 antagonists in clinical trials. [...]
2013 - 10.1371/journal.pone.0067085
PloS one, Vol. 8 (august 2013)
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Low-frequency drug-resistant HIV-1 and risk of virological failure to first-line NNRTI-based ART : a multicohort European case-control study using centralized ultrasensitive 454 pyrosequencing
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Cozzi-Lepri, Alessandro (University College London) ;
Noguera-Julian, Marc (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Di Giallonardo, Francesca (University Hospital Zurich (Suïssa)) ;
Schuurman, Rob (Department of Virology. University Medical Centre, Utrecht) ;
Däumer, Martin (Institut für Immunologie und Genetik, Kaiserslautern, Germany) ;
Aitken, Sue (Department of Virology. University Medical Centre, Utrecht) ;
Ceccherini-Silberstein, Francesca (Department of Experimental Medicine and Surgery, University of Rome Tor Vergata) ;
D'Arminio Monforte, Antonella (Clinic of Infectious Diseases, 'San Paolo' Hospital) ;
Geretti, Anna Maria (Institute of Infection & Global Health, University of Liverpool) ;
Booth, Clare L. (Department of Virology, Royal Free London NHS Foundation Trust) ;
Kaiser, Rolf (Institute of Virology, University of Cologne) ;
Michalik, Claudia (Competence Network for HIV/AIDS, Bochum, Germany) ;
Jansen, Klaus (Competence Network for HIV/AIDS, Bochum, Germany) ;
Masquelier, Bernard (Université Bordeaux 2) ;
Bellecave, Pantxika (Université Bordeaux 2) ;
Kouyos, Roger D. (University Hospital Zurich (Suïssa)) ;
Castro, Erika (Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (Lausanne, Suïssa). Service of Community Psychiatry) ;
Furrer, Hansjakob (Bern University Hospital) ;
Schultze, Anna (University College London) ;
Günthard, Huldrych F. (University Hospital Zurich (Suïssa)) ;
Brun-Vezinet, Francoise (Department of Virology, Bichat University Hospital, Paris) ;
Paredes, Roger (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Metzner, Karin J. (University Hospital Zurich (Suïssa)) ;
CHAIN Minority HIV-1 Variants Working Group
It is still debated if pre-existing minority drug-resistant HIV-1 variants (MVs) affect the virological outcomes of first-line NNRTI-containing ART. This Europe-wide case-control study included ART-naive subjects infected with drug-susceptible HIV-1 as revealed by population sequencing, who achieved virological suppression on first-line ART including one NNRTI. [...]
2014 - 10.1093/jac/dku426
Journal of antimicrobial chemotherapy, Vol. 70 (october 2014) , p. 930-940
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A Follow-Up of the Multicenter Collaborative Study on HIV-1 Drug Resistance and Tropism Testing Using 454 Ultra Deep Pyrosequencing
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Saint John, Elizabeth P. (454 Life Sciences (Brandford, Estats Units d'Amèrica)) ;
Simen, Birgitte B. (454 Life Sciences (Brandford, Estats Units d'Amèrica)) ;
Turenchalk, Gregory S. (454 Life Sciences (Brandford, Estats Units d'Amèrica)) ;
Braverman, Michael S. (454 Life Sciences (Brandford, Estats Units d'Amèrica)) ;
Abbate, Isabella (National Institute for Infectious Diseases (Roma, Itàlia)) ;
Aerssens, Jeroen (Janssen Infectious Diseases (Beerse, Bèlgica)) ;
Bouchez, Olivier (Plateforme Génomique Toulouse/Laboratoire Génétique Cellulaire (Toulouse, França)) ;
Gabriel, Christian (Blutzentrale Linz (Àustria)) ;
Izopet, Jacques (INSERM U56 (Toulouse, França)) ;
Meixenberger, Karolin (Robert Koch-Institute (Berlin, Alemanya)) ;
Di Giallonardo, Francesca (University of Zurich) ;
Schlapbach, Ralph (University of Zurich) ;
Paredes, Roger (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa) ;
Sakwa, James (Technology Innovation Agency-National Genomics Platform (Durban, Sud-àfrica)) ;
Schmitz-Agheguian, Gudrun G. (Roche Applied Science (Penzberg, Alemanya)) ;
Thielen, Alexander (Institute of Immunology and Genetics (Kaiserslautern, Alemanya)) ;
Victor, Martin (Roche Applied Science (Penzberg, Alemanya)) ;
Metzner, Karin J. (University of Zurich) ;
Däumer, Martin (Institute of Immunology and Genetics (Kaiserslautern, Alemanya)) ;
454 HIV-1 Alpha Study Group
Ultra deep sequencing is of increasing use not only in research but also in diagnostics. For implementation of ultra deep sequencing assays in clinical laboratories for routine diagnostics, intra- and inter-laboratory testing are of the utmost importance. [...]
2016 - 10.1371/journal.pone.0146687
PloS one, Vol. 11 Núm. 1 (January 2016)
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