Results overview: Found 9 records in 0.02 seconds.
Articles, 9 records found
Articles 9 records found  
1.
11 p, 1.7 MB Genomic diversity in ochratoxigenic and non ochratoxigenic strains of Aspergillus carbonarius / Castellà Gómez, Gemma (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Bragulat Arara, Mª Rosa (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Puig Carles, Laura (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech SL) ; Cabañes Sáenz, Francisco Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals)
Ochratoxin A (OTA) is a mycotoxin with nephrotoxic effects on animals and humans. Aspergillus carbonarius is the main responsible for OTA contamination of grapes and derived products. We present the genome resequencing of four A. [...]
2018 - 10.1038/s41598-018-23802-8
Scientific Reports, Vol. 8 (2018) , art. 5439  
2.
7 p, 990.3 KB Rapid genome resequencing of an atoxigenic strain of Aspergillus carbonarius / Cabañes Sáenz, Francisco Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech SL) ; Castellà Gómez, Gemma (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Bragulat Arara, Mª Rosa (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Cigliano, Riccardo Aiese (Sequentia Biotech SL) ; Sánchez Bonastre, Armando (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
In microorganisms, Ion Torrent sequencing technology has been proved to be useful in whole-genome sequencing of bacterial genomes (5 Mbp). In our study, for the first time we used this technology to perform a resequencing approach in a whole fungal genome (36 Mbp), a non-ochratoxin A producing strain of Aspergillus carbonarius. [...]
2015 - 10.1038/srep09086
Scientific Reports, Vol. 5 (2015) , art. 9086  
3.
9 p, 1.8 MB An improved assembly and annotation of the melon (Cucumis melo L.) reference genome / Ruggieri, Valentino (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Alexiou, Konstantinos G. (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ; Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Argyris, Jason (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pujol, Maria (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) ; Yano, Ryoichi (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences) ; Nonaka, Satoko (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences) ; Ezura, Hiroshi (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences) ; Latrasse, David (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ; Boualem, Adnane (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ; Benhamed, Moussa (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ; Bendahmane, Abdelhafid (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2)) ; Cigliano, Riccardo Aiese (Sequentia Biotech SL) ; Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech SL) ; Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
We report an improved assembly (v3. 6. 1) of the melon (Cucumis melo L. ) genome and a new genome annotation (v4. 0). The optical mapping approach allowed correcting the order and the orientation of 21 previous scaffolds and permitted to correctly define the gap-size extension along the 12 pseudomolecules. [...]
2018 - 10.1038/s41598-018-26416-2
Scientific Reports, Vol. 8 (May 2018) , art. 8088  
4.
7 p, 976.0 KB Rapid genome resequencing of an atoxigenic strain of Aspergillus carbonarius / Cabañes Sáenz, Francisco Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Castellà Gómez, Gemma (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Bragulat Arará, M. Rosa (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Sanseverino, Walter (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Sánchez, Armand (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei Veterinari de Genètica Molecular) ; Aiese-Cigliano, Riccardo (Sequentia Biotech SL)
In microorganisms, Ion Torrent sequencing technology has been proved to be useful in whole-genome sequencing of bacterial genomes (5 Mbp). In our study, for the first time we used this technology to perform a resequencing approach in a whole fungal genome (36 Mbp), a non-ochratoxin A producing strain of Aspergillus carbonarius. [...]
2015
Scientific Reports, Març 2015, p. 1-7  
5.
11 p, 1.7 MB Genomic diversity in ochratoxigenic and non ochratoxigenic strains of Aspergillus carbonarius / Castellà Gómez, Gemma (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Bragulat Arará, M. Rosa (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Puig Carles, Laura (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals) ; Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech SL,) ; Cabañes Sáenz, Francisco Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Sanitat i d'Anatomia Animals)
Ochratoxin A (OTA) is a mycotoxin with nephrotoxic effects on animals and humans. Aspergillus carbonarius is the main responsible for OTA contamination of grapes and derived products. We present the genome resequencing of four A. [...]
2018
Scientific Reports, Abril 2018, p. 1-11  
6.
38 p, 1.7 MB Transposon insertions, structural variations, and SNPs contribute to the evolution of the melon genome / Sanseverino, Walter (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Hénaff, Elizabeth (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Vives, Cristina (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pinosio, Sara (Universita degli studi di Udine. Dipartimento di szience agrarie e ambientali) ; Burgos-Paz, William (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Morgante, Michele (Universita degli studi di Udine. Dipartimento di szience agrarie e ambientali) ; Ramos-Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Casacuberta i Suñer, Josep M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
The availability of extensive databases of crop genome sequences should allow analysis of crop variability at an unprecedented scale, which should have an important impact in plant breeding. However, up to now the analysis of genetic variability at the whole-genome scale has been mainly restricted to single nucleotide polymorphisms (SNPs). [...]
2015 - 10.1093/molbev/msv152
Molecular biology and evolution, Vol. 32, issue 10 (Oct. 2015) , p. 2760-74  
7.
18 p, 3.4 MB Genome and transcriptome analysis of the Mesoamerican common bean and the role of gene duplications in establishing tissue and temporal specialization of genes / Vlasova, Anna (Centre de Regulació Genòmica) ; Capella-Gutiérrez, Salvador (Centre de Regulació Genòmica) ; Rendón-Anaya, Martha (Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad) ; Hernández-Oñate, Miguel (Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad) ; Minoche, André E. (Garvan Institute of Medical Research) ; Erb, Ionas (Centre de Regulació Genòmica) ; Câmara, Francisco (Centre de Regulació Genòmica) ; Prieto-Barja, Pablo (Centre de Regulació Genòmica) ; Corvelo, André (New York Genome Center) ; Sanseverino, Walter (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Westergaard, Gastón (Instituto de Agrobiotecnología Rosario) ; Dohm, Juliane C. (Universität für Bodenkultur) ; Pappas, Georgios J. (Universidade de Brasília. Departamento de Biologia Celular) ; Saburido-Alvarez, Soledad (Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad) ; Kedra, Darek (Centre de Regulació Genòmica) ; Gonzalez, Irene (Universitat Pompeu Fabra) ; Cozzuto, Luca (Centre de Regulació Genòmica) ; Gómez-Garrido, Jessica (Universitat Pompeu Fabra) ; Aguilar-Morón, María A. (Universitat Pompeu Fabra) ; Andreu, Nuria (Universitat Pompeu Fabra) ; Aguilar, O. Mario (Universidad Nacional de La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular) ; Garcia Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Zehnsdorf, Maik (Universitat Pompeu Fabra) ; Vázquez, Martín P. (Instituto de Agrobiotecnología Rosario) ; Delgado-Salinas, Alfonso (Universidad Nacional Autónoma de México. Departamento de Botánica) ; Delaye, Luis (Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del I.P.N. Unidad Irapuato. Departamento de Ingeniería Genética) ; Lowy, Ernesto (European Bioinformatics Institute) ; Mentaberry, Alejandro (Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales) ; Vianello-Brondani, Rosana P. (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária) ; García, José Luís (Centro Superior de Investigaciones Científicas. Departamento de Biología Ambiental) ; Alioto, Tyler (Centre de Regulació Genòmica) ; Sánchez, Federico (Universidad Nacional Autónoma de México. Departamento de Biología Molecular de Plantas) ; Himmelbauer, Heinz (Universität für Bodenkultur) ; Santalla, Marta (Centro Superior de Investigaciones Científicas. Mision Biológica de Galicia) ; Notredame, Cedric (Universitat Pompeu Fabra) ; Gabaldón, Toni (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats) ; Herrera-Estrella, Alfredo (centro de Investigación y de Estudios Avanzados del I.P.N. Unidad Irapuato. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad) ; Guigó, Roderic (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Legumes are the third largest family of angiosperms and the second most important crop class. Legume genomes have been shaped by extensive large-scale gene duplications, including an approximately 58 million year old whole genome duplication shared by most crop legumes. [...]
2016 - 10.1186/s13059-016-0883-6
Genome biology, Vol. 17 (2016) , art. 32  
8.
5 p, 2.6 MB PRGdb 2.0 : towards a community-based database model for the analysis of R-genes in plants / Sanseverino, Walter (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Hermoso, Antonio (Centre de Regulació Genòmica (Barcelona)) ; D'Alessandro, Raffaella (Università degli Studi di Napoli Federico II) ; Vlasova, Anna (Centre de Regulació Genòmica (Barcelona)) ; Andolfo, Giuseppe (Università degli Studi di Napoli Federico II) ; Frusciante, Luigi (Università degli Studi di Napoli Federico II) ; Lowy, Ernesto (Centre de Regulació Genòmica) ; Roma, Guglielmo (Centre de Regulació Genòmica (Barcelona)) ; Ercolano, Maria Raffaella (Università degli Studi di Napoli Federico II)
The Plant Resistance Genes database (PRGdb; http://prgdb. org) is a comprehensive resource on resistance genes (R-genes), a major class of genes in plant genomes that convey disease resistance against pathogens. [...]
2013 - 10.1093/nar/gks1183
Nucleic acids research, Vol. 41 (2013) , p. D1167-D1171  
9.
14 p, 1.7 MB Use of targeted SNP selection for an improved anchoring of the melon (Cucumis melo L.) scaffold genome assembly / Argyris, Jason (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ruiz-Herrera Moreno, Aurora (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia) ; Madriz-Masis, Pablo (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Sanseverino, Walter (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Pujol, Marta (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Ramos-Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ; Garcia Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Background: The genome of the melon (Cucumis melo L. ) double-haploid line DHL92 was recently sequenced, with 87. 5 and 80. 8% of the scaffold assembly anchored and oriented to the 12 linkage groups, respectively. [...]
2015
BMC genomics, Vol. 16 (Jan. 2015) , art. 4  

See also: similar author names
Interested in being notified about new results for this query?
Set up a personal email alert or subscribe to the RSS feed.