Genome data from a sixteenth century pig illuminate modern breed relationships
Ramírez, Óscar (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Burgos-Paz, William (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Casas Díaz, Encarna (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Ballester Devis, Maria (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Bianco, Erica (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Olalde, Iñigo (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Santpere, G. (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Novella Dalmau, Violeta (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Prehistòria)
Gut, Marta (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Lalueza-Fox, Carles (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Saña Seguí, Maria (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Prehistòria)
Perez-Enciso, Miguel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Date:	2014
Abstract:	Ancient DNA (aDNA) provides direct evidence of historical events that have modeled the genome of modern individuals. In livestock, resolving the differences between the effects of initial domestication and of subsequent modern breeding is not straight forward without aDNA data. Here, we have obtained shotgun genome sequence data from a sixteenth century pig from Northeastern Spain (Montsoriu castle), the ancient pig was obtained from an extremely well-preserved and diverse assemblage. In addition, we provide the sequence of three new modern genomes from an Iberian pig, Spanish wild boar and a Guatemalan Creole pig. Comparison with both mitochondrial and autosomal genome data shows that the ancient pig is closely related to extant Iberian pigs and to European wild boar. Although the ancient sample was clearly domestic, admixture with wild boar also occurred, according to the D-statistics. The close relationship between Iberian, European wild boar and the ancient pig confirms that Asian introgression in modern Iberian pigs has not existed or has been negligible. In contrast, the Guatemalan Creole pig clusters apart from the Iberian pig genome, likely due to introgression from international breeds.
Grants:	Ministerio de Economía y Competitividad BFU2012-34157 Ministerio de Economía y Competitividad AGL2010-14822 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2010/ACOM00030 Ministerio de Ciencia e Innovación CSD2007-00036
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials i que es distribueixin sota la mateixa llicència que regula l'obra original. Cal que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Subject:	Biogeography ; Comparative genomics
Published in:	Heredity, Vol. 114 (2015) , p. 175-184, ISSN 1365-2540

DOI: 10.1038/hdy.2014.81
PMID: 25204303

10 p, 752.3 KB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Experimental sciences > CRAG (Centre for Research in Agricultural Genomics)
Articles > Research articles
Articles > Published articles