A comprehensive custom panel design for routine hereditary cancer testing: preserving control, improving diagnostics and revealing a complex variation landscape
Castellanos, Elisabeth (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer)
Gel, Bernat (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer)
Rosas, Inma (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer)
Tornero, Eva (Institut Català d'Oncologia)
Santín, Sheila (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer)
Pluvinet, Raquel (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer)
Velasco, Juan (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer)
Sumoy, Lauro (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer)
Del Valle, Jesús (Institut Català d'Oncologia)
Perucho, Manuel (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer)
Blanco Guillermo, Ignacio (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Navarro, Matilde (Institut Català d'Oncologia)
Brunet, Joan (Institut Català d'Oncologia)
Pineda, Marta (Institut Català d'Oncologia)
Feliubadaló, Lidia (Institut Català d'Oncologia)
Capellá, G. (Gabriel) (Institut Català d'Oncologia)
Lázaro, Conxi (Institut Català d'Oncologia)
Serra, Eduard (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer)

Date:	2017
Abstract:	We wanted to implement an NGS strategy to globally analyze hereditary cancer with diagnostic quality while retaining the same degree of understanding and control we had in pre-NGS strategies. To do this, we developed the I2HCP panel, a custom bait library covering 122 hereditary cancer genes. We improved bait design, tested different NGS platforms and created a clinically driven custom data analysis pipeline. The I2HCP panel was developed using a training set of hereditary colorectal cancer, hereditary breast and ovarian cancer and neurofibromatosis patients and reached an accuracy, analytical sensitivity and specificity greater than 99%, which was maintained in a validation set. I2HCP changed our diagnostic approach, involving clinicians and a genetic diagnostics team from panel design to reporting. The new strategy improved diagnostic sensitivity, solved uncertain clinical diagnoses and identified mutations in new genes. We assessed the genetic variation in the complete set of hereditary cancer genes, revealing a complex variation landscape that coexists with the disease-causing mutation. We developed, validated and implemented a custom NGS-based strategy for hereditary cancer diagnostics that improved our previous workflows. Additionally, the existence of a rich genetic variation in hereditary cancer genes favors the use of this panel to investigate their role in cancer risk.
Grants:	Instituto de Salud Carlos III PI11/1609 Instituto de Salud Carlos III PI14/00577 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2014 SGR 338
Note:	Altres ajuts: Asociación Española Contra el Cáncer; Asociación de Afectados de Neurofibromatosis; ACNefi
Note:	Altres ajuts: RTICC/RD12/0036/008
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Published in:	Scientific reports, 2017, p. 1-12, ISSN 2045-2322

DOI: 10.1038/srep39348
PMID: 28051113

12 p, 2.3 MB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Health sciences and biosciences > Institut d'Investigació en Ciencies de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP)
Articles > Research articles
Articles > Published articles