Genotyping Hepatitis B virus by Next-Generation Sequencing : Detection of Mixed Infections and Analysis of Sequence Conservation
Dopico, Eva (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge)
Vila, Marta (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Tabernero, David (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Gregori i Font, Josep (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Rando-Segura, Ariadna (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Pacín Ruiz, Beatriz (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas)
Guerrero, Laura (Hospital Universitari de Bellvitge)
Ubillos, Itziar (Hospital Universitari de Bellvitge)
Martínez, Miguel J. (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas)
Costa, Josep (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona)
Quer, Josep 1963- (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Pérez Garreta, Javier (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
González-Sánchez, Alejandra (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Antón Pagarolas, Andrés, 1976- 1976- (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Pumarola Suñé, Tomàs (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas)
Riveiro Barciela, Mar (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Ferrer Costa, Roser (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Buti, Maria (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Rodríguez Frías, Francisco (Universitat Internacional de Catalunya)
Cortese, Maria Francesca (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas)

Data:	2024
Resum:	Our aim was to develop an accurate, highly sensitive method for HBV genotype determination and detection of genotype mixtures. We examined the preS and 5' end of the HBV X gene (5X) regions of the HBV genome using next-generation sequencing (NGS). The 1852 haplotypes obtained were subjected to genotyping via the Distance-Based discrimination method (DB Rule) using two sets of 95 reference sequences of genotypes A-H. In clinical samples from 125 patients, the main genotypes were A, D, F and H in Caucasian, B and C in Asian and A and E in Sub-Saharan patients. Genotype mixtures were identified in 28 (22. 40%) cases, and potential intergenotypic recombination was observed in 29 (23. 20%) cases. Furthermore, we evaluated sequence conservation among haplotypes classified into genotypes A, C, D, and E by computing the information content. The preS haplotypes exhibited limited shared conserved regions, whereas the 5X haplotypes revealed two groups of conserved regions across the genotypes assessed. In conclusion, we developed an NGS-based HBV genotyping method utilizing the DB Rule for genotype classification. We identified two regions conserved across different genotypes at 5X, offering promising targets for RNA interference-based antiviral therapies.
Ajuts:	Agencia Estatal de Investigación PID2021-126447OB-I00 Instituto de Salud Carlos III PI19/00301 Instituto de Salud Carlos III PI22/00258
Nota:	Altres ajuts: Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (CDTI) IDI-20200297
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Hepatitis B virus ; Genotypes ; Next-generation sequencing ; Quasispecies ; Conservation ; Information content ; Distance-Based discrimination method ; PreS ; Hepatitis B X gene ; RNA interference
Publicat a:	International journal of molecular sciences, Vol. 25 (may 2024) , ISSN 1422-0067

DOI: 10.3390/ijms25105481
PMID: 38791519

23 p, 3.9 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats