Accelerated pattern search in DNA sequences
Rubio Castro, Laia
Erill, Ivan, dir. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciències de la Computació)
Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria

Additional title:	Recerca accelerada de patrons en seqüències de DNA
Additional title:	Investigación acelerada de patrones en secuencias de DNA
Date:	2024
Abstract:	La bioinformàtica utilitza mètodes informàtics per operar amb moltes dades biològiques. Ens ajuda a entendre com funciona el DNA per crear i mantenir vius els éssers vius. Una tasca important és trobar patrons en seqüències de DNA que controlen els gens. Aquest mètode consisteix a analitzar grans conjunts de dades genòmiques i trobar posicions amb patrons. Aquest projecte vol accelerar el procés de recerca d'aquestes seqüències de genòmica mitjançant un enfocament look-ahead. Les millores s'afegiran a BioPython, un conjunt d'eines gratuïtes que ajuden a estudiar la computació biològica. El projecte contribueix a estudiar els programes genètics dins de les cèl·lules i accelerar el procés de recontrucció de xarxes de regulació amb presència genètica.
Abstract:	La bioinformática utiliza métodos informáticos para operar con muchos datos biológicos. Nos ayuda a entender como funciona el DNA para crear y mantener vivos los seres vivos. Una tarea importante es encontrar patrones en secuencias de DNA que controlan los genes. Este método consiste en analizar grandes conjuntos de datos genómicos y encontrar posiciones con patrones. Este proyecto quiere acelerar el proceso de investigación de estas secuencias de genómica mediante un enfoque look-ahead. Las mejoras se añadirán a BioPython, un conjunto de herramientas gratuitas que ayudan a estudiar la computación biológica. El proyecto contribuye a estudiar los programas genéticos dentro de las células y acelerar el proceso de recontrucció de redes de regulación con presencia genética.
Abstract:	Bioinformatics uses computer methods to handle large amounts of biological data. It helps us understand how DNA works to create and keep living beings alive. One important task is find instances of patterns in DNA sequences that control genes expression. This method consists on looking through large genomics datasets and identifying likely pattern positions. This project seeks to accelerate the process of finding these genomics sequences using heuristic approaches. The improvements will be added to BioPython, a set of free tools which helps studying biological sequence analysis. The project contributes to the inference of genetic programs within cells and to accelerate the process of reconstructing transcriptional regulatory networks.
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Language:	Anglès
Studies:	Grau en Enginyeria Informàtica [2502441]
Study plan:	Enginyeria Informàtica [958]
Document:	Treball final de grau ; Text
Subject area:	Menció Computació
Subject:	Bioinformàtica ; ADN ; Bioinformática ; Binding de proteïnes ; Motiu seqüències d'adn ; BioPython ; Xarxes de regulació ; Binding de proteínas ; Motivo secuencias de adn ; Redes de regulación ; Bioinformatics ; Protein binding ; DNA ; Patterns ; DNA sequences motifs ; Regulatory networks

9 p, 572.3 KB

The record appears in these collections:
Research literature > Bachelor's degree final project > School of Engineering. TFG