Implementació de bases de dades biomèdiques amb GitHub
Gallego Cabanillas, Miguel
Toro, María Carmen de tut. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)
Erill, Ivan tut. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)
Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria

Additional title:	Implementation of biomedical databases using GitHub
Additional title:	Implementación de bases de datos biomédicas con GitHub
Date:	2026
Abstract:	Moltes bases de dades biomèdiques depenen de finançament continu per mantenir-se operatives, fet que en dificulta la continuïtat i l'actualització al llarg del temps. En aquest context, un projecte previ va demostrar la viabilitat de migrar una base de dades biomèdica a una arquitectura gratuïta basada en GitHub, eliminant els costos d'infraestructura i simplificant el manteniment. Aquest Treball de Fi de Grau afegeix una capa d'interacció que permet inserir nova informació científica de manera guiada, validada i persistent dins de CollecTF, una base de dades de llocs d'unió de factors de transcripció bacterians. El procés consta de set passos que automatitzen la consulta a APIs públiques, l'estandardització de les dades mitjançant ontologies i l'escriptura segura de la informació al repositori de GitHub.
Abstract:	Many biomedical databases depend on continuous funding to remain operational, which makes their long-term sustainability and regular updates difficult. In this context, a previous project demonstrated the viability of migrating a biomedical database to a free architecture based on GitHub, eliminating infrastructure costs and simplifying maintenance. This Final Degree Project adds an interaction layer that enables the guided, validated, and persistent insertion of new scientific information into CollecTF, a database of bacterial transcription factor binding sites. The process is structured into seven steps that automate queries to public APIs, data standardization through ontologies, and secure writing to the GitHub repository.
Abstract:	Muchas bases de datos biomédicas dependen de financiación continua para mantenerse operativas, lo que dificulta su continuidad y actualización a lo largo del tiempo. En este contexto, un proyecto previo demostró la viabilidad de migrar una base de datos biomédica a una arquitectura gratuita basada en GitHub, eliminando los costes de infraestructura y simplificando el mantenimiento. Este Trabajo de Fin de Grado añade una capa de interacción que permite insertar nueva información científica de forma guiada, validada y persistente dentro de CollecTF, una base de datos de sitios de unión de factores de transcripción bacterianos. El proceso consta de siete pasos que automatizan la consulta a APIs públicas, la estandarización de los datos mediante ontologías y la escritura segura de la información en el repositorio de GitHub.
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Language:	Català
Studies:	Enginyeria Informàtica [2502441]
Study plan:	Enginyeria Informàtica [958]
Document:	Treball final de grau
Subject area:	Menció Tecnologies de la Informació
Subject:	APIs públiques ; Aplicació web ; Arquitectura sense servidor ; Automatització ; Bases de dades biomèdiques ; Bioinformàtica ; Curació de dades ; Factors de transcripció ; GitHub ; GitHub Actions ; GitHub Pages ; Llocs d'unió ; Ontologies ; Pipeline de curació ; React, ; Automation ; Biomedical databases ; Bioinformatics ; Binding sites ; Curation pipeline ; Data curation ; Transcription factors ; public APIs ; React ; Serverless architecture ; SQLite ; Web application ; APIs públicas ; Aplicación web ; Arquitectura sin servidor ; Automatización ; Bases de datos biomédicas ; Bioinformática ; Curación de datos ; Factores de transcripción ; Sitios de unión ; Ontologías ; Pipeline de curación ; Rea

13 p, 1.6 MB

The record appears in these collections:
Research literature > Bachelor's degree final project > School of Engineering. TFG