Desarrollo de un sistema filogenético viral con Python
Garrido Flores, Nerea
Erill, Ivan, tut. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)
Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria

Additional title:	Desenvolupament d'un sistema de filogènia vírica en Python
Additional title:	Developing a viral phylogenetic system with Python
Date:	2025
Abstract:	La classificació filogenètica de virus que infecten procariotes presenta un desafiament a causa de l'alta variabilitat genètica i l'absència de marcadors universals en aquest tipus de virus. Actualment, hi ha eines com VICTOR que permeten construir arbres filogenètics amb genomes complets. Encara que és una bona eina, és de codi tancat i té una limitació de 100 genomes per anàlisi, cosa que dificulta estudis a gran escala. Aquest projecte sorgeix per implementar una alternativa lliure i escalable utilitzant Python i la llibreria Biopython. El sistema desenvolupat tradueix els genomes a proteïnes, executa alineaments BLASTp entre ells i calcula les distàncies utilitzant el mètode GBDP. A partir de la matriu de distàncies obtinguda, es genera un arbre filogenètic visualitzable. Els resultats s'avaluen segons el rendiment computacional i la coherència biològica de l'arbre obtingut, i es proposa una eina de codi obert per a l'anàlisi evolutiva de virus.
Abstract:	La clasificación filogenética de virus que infectan procariotas presenta un desafío debido a la alta variabilidad genética y la ausencia de marcadores universales en este tipo de virus. Actualmente, existen herramientas como VICTOR que permiten construir árboles filogenéticos con genomas completos. Aunque es una buena herramienta, es de código cerrado y tiene una limitación de 100 genomas por análisis, lo que dificulta estudios a gran escala. Este proyecto surge con el objetivo de implementar una alternativa libre y escalable utilizando Python y la librería Biopython. El sistema desarrollado traduce los genomas a proteínas, ejecuta alineamientos BLASTp entre ellos y calcula las distancias utilizando el método GBDP. A partir de la matriz de distancias obtenida, se genera un árbol filogenético visualizable. Los resultados se evalúan según el rendimiento computacional y la coherencia biológica del árbol obtenido, proponiendo una herramienta de código abierto para el análisis evolutivo de virus .
Abstract:	The phylogenetic classification of viruses that infect prokaryotes presents a challenge due to their high genetic variability and the absence of universal markers in this type of virus. Currently, there are tools such as VICTOR that allow the construction of phylogenetic trees using complete genomes. Although it is a good tool, it is not open-source and has a limitation of 100 genomes peer analysis, which hinders large-scale studies. This project arises with the aim of implementing a free and scalable alternative using Python and the Biopython library. The developed system translates genomes into proteins, performs BLASTp alignments between them and calculates distances using GBD method. From the resulting distance matrix, a visualizable phylogenetic tree is generated. The results are evaluated based on computational performance and the biological coherence of the resulting tree, proposing an open-source tool for the evolutionary analysis of viruses.
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Language:	Castellà
Studies:	Enginyeria Informàtica [2502441]
Study plan:	Enginyeria Informàtica [958]
Document:	Treball final de grau ; Text
Subject area:	Menció Computació
Subject:	Virus ; Filogènia ; Arbre filogenètic ; BLAST ; GBDP ; VICTOR ; Python ; Codi obert ; Filogenia ; Árbol filogenético ; Código abierto ; Phylogeny ; Phylogenetic tree ; Open-source

16 p, 1.6 MB

The record appears in these collections:
Research literature > Bachelor's degree final project > School of Engineering. TFG