Deep Sequencing Reveals Dual Evolution of SARS-CoV-2 : Insights Into Defective Genomes From Wuhan-Hu-1 Variants to Omicron Subvariants
Campos, Carolina (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Ibañez Lligoña, Marta (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Colomer-Castell, Sergi (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Gregori i Font, Josep (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Garcia-Cehic, D. (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Andrés, Cristina (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Piñana, Maria (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
González-Sánchez, Alejandra (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Rando-Segura, Ariadna (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Esperalba, Juliana (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Saubi, Narcis (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Cortese, Maria Francesca (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Tabernero, David (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Rodríguez Frías, Francisco (Universitat Internacional de Catalunya)
Ferrer Costa, Roser (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Esteban Mur, Juan Ignacio (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Kakze-van der Honing, Renate W. (Wageningen University and Research)
Kampfraath, Andries A. (Wageningen University and Research)
Vergara-Alert, Júlia (Universitat Autònoma de Barcelona. Unitat Mixta d'Investigació IRTA-UAB en Sanitat Animal)
Segalés Coma, Joaquim (Universitat Autònoma de Barcelona. Unitat Mixta d'Investigació IRTA-UAB en Sanitat Animal)
van der Poel, Wim H. M. (Wageningen University and Research)
Pumarola Suñé, Tomàs (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Antón Pagarolas, Andrés, 1976- 1976- (Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR))
Quer, Josep 1965- (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)

Date:	2025
Abstract:	SARS-CoV-2 has evolved from early variants dominating the first (B. 1. 5, B. 1. 1) and second (B. 1. 177) pandemic waves, which exhibited a higher frequency of minority mutants with deletions leading to Defective Viral Genomes (DVGs) in the spike region near the S1/S2 cleavage site than the Alpha, Beta, and Delta variants. The emergence of Omicron has significantly altered the dominant variant profile, with Omicron subvariants now representing 100% of circulating viruses. To monitor the evolution and adaptation of Omicron in the human population, a deep-sequencing study was performed in RNA samples of BA. 1, BA. 1. 1, BA. 2, BA. 5, BQ. 1. 1, XBB. 1. 5 and BA. 2. 86 Omicron subvariants. The findings reveal two occurrences of similar evolutionary patterns within SARS-CoV-2 characterized by a shift from a significant to a very low production of DVGs. This event suggests that DVGs might play a role in the virus's spread and adaptation for persistence in infected humans.
Grants:	Ministerio de Economía y Competitividad IDI-20200297 Agencia Estatal de Investigación PID2021-126447OB-I00 Ministerio de Economía y Competitividad FISPI19/00301 Instituto de Salud Carlos III PI19/00533 Instituto de Salud Carlos III PI22/00258 Instituto de Salud Carlos III PI22/00023 Instituto de Salud Carlos III PI23/01065 Ministerio de Educación FPU21/04150
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Subject:	Deep-sequencing ; Dual evolution ; DVGs ; Omicron ; Quasispecies
Published in:	Journal of Medical Virology, Vol. 97 (june 2025) , ISSN 1096-9071

DOI: 10.1002/jmv.70476
PMID: 40586690

13 p, 1.4 MB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Health sciences and biosciences > Centre de Recerca en Sanitat Animal (CReSA-IRTA)
Articles > Research articles
Articles > Published articles